备用编译器安装的R程序包：错误安装rJava

我想有R版本3.4.0在OS X 10.11.6安装rJava包：备用编译器安装的R程序包：错误安装rJava

install.packages("rJava", type = "source")

，我得到以下错误：

clang -o libjri.jnilib Rengine.o jri.o Rcallbacks.o Rinit.o globals.o rjava.o -dynamiclib -framework JavaVM -fopenmp -L/usr/local/lib -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -lpcre -llzma -lbz2 -lz -licucore -lm -liconv  
clang: error: unsupported option '-fopenmp' 
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1 
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2 
make: *** [jri] Error 2 
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’

从我所知道的情况来看，clang被用作编译器，使用'fopenmp'，它看起来不被铛支持。任何人都可以看到解决这个问题的方法，可能迫使使用不同的编译器。（注：我对编译器几乎一无所知）

在此先感谢。

来源

2017-04-24 Jeff Coughlin

这是因为RAN 3.4.0由支持OpenMP的llvm-4.0.0编译的，但Apple的fork（默认安装在macOS上）而不是支持OpenMP。有三种解决方案

使用由CRAN提供的软件包二进制文件，例如， install.packages(type = "binary")。
安装支持OpenMP的编译器，例如gcc或clang，但是您还必须修改个人makevars文件中的变量（~/.R/Makevars）。在~/.R/Makevars

对于2

取消设置SHLIB_OPENMP_CFLAGS和SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS你可以用brew install clang或brew install gcc --without-multilib安装编译器，那么你必须将编译器的路径添加到您的~/.R/Makevars文件。

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang 
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++ 
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler) 
CXX11=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++

或gcc使用（双重检查GCC可执行程序中存在，并且正确命名）

CC=/usr/local/bin/gcc-7 
CXX=/usr/local/bin/gcc-7 
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler) 
CXX11=/usr/local/bin/gcc-7

或者你可以安装一个CRAN Provided LLVM 4.0并相应地设置Makevars文件。

对于3.您只需取消设置SHLIB_OPENMP_CFLAGS

SHLIB_OPENMP_CFLAGS= 
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=

欲了解更多详情，请参阅在写作R附加OpenMP support。

请注意，此错误与Java或rJava软件包无关，因此理想情况下可将该问题重命名为clang: error: unsupported option '-fopenmp'。

来源

2017-05-12 17:43:12 Jim

任何线索，我的个人makevars文件是？ '$ cd〜/ .R/Makevars -bash：cd：/Users/me/.R/Makevars：没有这样的文件或目录' – BLT

默认情况下没有一个，你需要创建'〜/ .R /'目录和'Makevars'文件（如果不存在）。 – Jim

'从命令行获得'R --quiet -e'install.packages（“rJava”，type =“binary”，repos =“http://cran.us.r-project.org”）'我。 –

在终端中运行下面的程序也会修复RStudio中的软件包下载，您可以运行Rjava或r-app而不会出现任何问题。

brew cask install r-app 
    brew install homebrew/versions/gcc49 --without-multilib 
    sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local 
    brew link --overwrite --force gcc49 
    brew unlink gcc49 && brew link gcc49 
    brew install llvm 
    mkdir ~/.R; touch ~/.R/Makevars

来源

2017-08-29 06:21:17 venna

备用编译器安装的R程序包：错误安装rJava

回答

相关问题