迭代并有效地将元素添加到顶点的R中的igraph列表属性

Question

我工作在ř的信号传播算法，使用的igraph（为随机图文库），其包括用2-工作级嵌套列表。

Igraph允许将属性附加到顶点（图的节点），这些可以是向量或列表，但在我的应用程序中，我需要嵌套列表。

看看，试试：

library("igraph") 
g <- graph.full(10) # create a fully connected graph with 10 vertices 
V(g)$letters <- list(NULL) # adds a list called "letters" to every vertex 
V(g)$letters # results in a nested list 

我想补充的，在不同的阶段，存储在向量2级列表的给定的子集，其中子集化的列表中的某些预先确定的元素与矢量大小相同。

问题是要找到一种有效的方法将元素添加到二级列表中。

更简单的（也是迄今为止唯一的）方式去就是写一个循环：

set.seed(1234) 

# every iteration represents a "round" of element addition , 
# followed by other operations. 
# So the attribute "letters" should not be populated in one sitting. 
for (i in 1:10){ 

    # select randomly five 2nd-level lists (vertices) from the 1st-level list 
    # the selected vertices are generated randomly for exposition, 
    # but I need to be able to select them from a well-defined vector (sel.ver) 

    sel.vert <- sample(1:10, 5) 

    # generate elements to add to the lists in the 2nd-level list (vertices) 
    # again, i generate them randomly just to fill the vector, 
    #but the vector could be pre-determined 

    add.elem <- sample(letters, 5) 

    # now add add each element to its own list 
    # notice that the first ELEMENT of add.elem (add.elem[1]) is added 
    # to the attribute of the first SELECTED vertex (V(g)[sel.vert[1]]$letters, 
    # the second element of add.elem with the second SELECTED vertex, and so on.. 

    for (l in 1:5){ 
    V(g)[sel.vert[l]]$letters <- list(c(V(g)[sel.vert[l]]$letters, add.elem[l]))  
    } 
} 

（我道歉，有经验的读者，如果这是不好的编程实践的恐怖秀）

随着初始网络的规模越来越大，每次迭代选择的顶点越多（随机数而不是5），循环变得越来越慢。这应该是一个“主力”功能，所以我想加快速度。

我读给“Efficiently adding or removing elements to a vector or list in R?”的答案，即与载体尽可能和预分配大小的工作，但我认为这并不适用于我的情况，这是因为：

1. 我认为，随着我不得不在第二级使用列表（至少在第一级）
2. ，这些列表将具有不同的最终长度，这取决于随机选择哪些顶点。因此，预先分配正确大小的矢量很困难。即使我在第二级放置了非常大的矢量，最初填充了NAs（导致了矢量列表），但我不知道在哪个位置添加元素（因为任何迭代中列表的长度都是随机的），更不用说我以后需要删除NAs。

这应该是添加元素（使用）嵌套列表的特殊情况。因此，我认为，也许更快的实现可以通过替换plyr或do.call与ddply内部循环来实现，但我不能管理自己写函数应用：get the elements of the (inner) list and add this new element (itself a subset of a vector)

的任何意见或建议非常感谢。希望这个帖子很明确。

Answer 1

# number of vertices to add elements to at a time 
nv <- 5 

# selected vertices and elements 
sel.ver <- sample(V(g), nv) 
add.elem <- sample(letters, nv) 

V(g)$letters[sel.ver] <- lapply(1:nv, function(x) { 
    c(add.elem[x], unlist(V(g)$letters[sel.ver[x]])) 
})