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可变字符串转换与sed

2017-02-28 81 views
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我想根据上下文与sed转换一个变量字符串。可变字符串转换与sed

string="GAGGTGGGTGGGGAGC" 
echo $string | sed -r 's/G+([AT])/A+\1/g'

结果是：A+AA+TA+TA+AGC。但我预计：AAAATAAATAAAAAGC

换句话说，我想用一个A或T代替一个未知的Gs片段。我们如何恢复匹配的模式的Gs数量以重用它在替代模式？

来源

2017-02-28 retrogenomics

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'。不幸的是，sed不支持lookaround。 –

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很棒！谢谢。对于记录，要使用的命令行是：'echo $ string | perl -pe's/G（？= G * [AT]）/ A/g' – retrogenomics

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请注意，在这种情况下，建立一个小型状态机来解析是很简单的。如果您需要处理大量数据并定期执行此操作，则可能需要付出额外的努力。另外，如果你有很多字符串需要处理，一定要将它们作为流传递给sed，而不是每次处理一个字符串都调用sed，这会大大减慢处理速度。 – Fred

回答

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随着SED，使用反向引用和t（测试）命令循环在进一步替换命令的开始，如果置换成功：

$ sed ':a;s/G\([AT]\)\(.*\)/A\1\2/;ta;' <<< "GAGGTGGGTGGGGAGC" 
AAAATAAATAAAAAGC

它是如何工作的：

  • :a： a即将到来的循环标签
  • s：替代命令
  • G\([AT]\)：搜索G，然后是A或T。第二个字母被捕获，并且将在替换字符串使用反向引用
  • \(.*\)使用：捕获剩余的字符
  • A\1\2：与A接着先前捕获的字符串（A或T和剩余的字符）
  • ta取代：如果先前的替代使用`perl`，你可以使用一个像`s/G（？= G * [AT]）/ A/g这样的正则表达式来代替脚本来检查脚本的进一步替换

来源

2017-02-28 10:24:49 SLePort

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它运作良好，但你能解释背后的逻辑吗？ – retrogenomics

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请参见[用't'测试]（http://www.grymoire.com/Unix/Sed.html#uh-59）。 –

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@retrogenomics我添加了一些解释。 – SLePort

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