在Python中运行python脚本

Question

我知道这个问题已被多次询问，我读了多个试图解决这个问题的问题。但是，这些实际上都没有工作。

我有一个Python脚本，我从以下网站下载：https://github.com/endrebak/kg

我试图从内部蟒蛇运行下面的命令。它的工作原理，当我直接从终端上运行，但抛出一个错误，当我从里面蟒蛇运行：

/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo 01200) 

使用下面的代码：

pathwayID = 01200 

cmd="/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID) 

tmp = os.popen(cmd).read() 

不过，我发现了以下错误：

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `(' 

sh: -c: line 0: `/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo 05200)' 

我试过多种建议，比如调用脚本之前加入python

cmd="python /usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID) 

另一项建议是使用：

subprocess.call(['/usr/packages/kg-master/bin/kg', "--mergecol=0","--noheader","--genes","--definition","--species=hsa <(echo '01200')"]) 

该解决方案是最接近由于执行脚本实际问题的解决。但是，似乎参数没有正确传递，我不知道为什么。

任何帮助，将不胜感激。

Answer 1

要使用subprocess运行此命令，您需要使用可理解process substitution语法的shell，例如， bash。 /bin/sh，这是subprocess使用的默认外壳，不支持它。

import subprocess 

cmd = ("/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes" 
     "--definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID)) 

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, 
          stderr=subprocess.PIPE, executable="/usr/bin/bash") 
out, err = process.communicate() 

或者，您可以将ID保存到临时文件并使用输入重定向（<）。

Answer 2

尝试这种情况：

import subprocess 

cmd="/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID) 

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) 
out, err = process.communicate() 

的命令的输出流将在“出”和误差流管道输送到将被管道输送到“ERR”。