对变量用awk与运营

我试图写一个bash脚本，有几个数据列读取文件，并在乘以通过第三列的每个值的第二列中的每个值，将所有的乘法结果一起。对变量用awk与运营

例如，如果该文件是这样的：

Column 1 Column 2 Column 3 Column 4 
genome  1   30   500 
genome  2   27   500 
genome  3   83   500 
...

该脚本应乘以1 * 30以得到30，然后2 * 27，得到54（并添加到30），然后3 * 83给249（并添加到84）等。

我一直在试图用awk来解析输入文件，但我不能确定如何让操作由线进行线路。现在它在读取第一行并且执行变量操作后停止。

这是我到目前为止已经写的：

for file in fileone filetwo 
do 
    set -- $(awk '/genome/ {print $2,$3}' $file.hist) 
    var1=$1 
    var2=$2 
    var3=$((var1*var2)) 
    total=$((total+var3)) 

    echo var1 \= $var1 
    echo var2 \= $var2 
    echo var3 \= $var3 
    echo total \= $total 
done

我试图把一个“而改为”周围的一切循环，但无法得到的变量与各行进行更新。我想我正在以这种错误的方式去做！

我很新的Linux和Bash脚本所以任何帮助将不胜感激！

来源

2013-03-15 Joltex

这是因为AWK读取整个文件并运行其程序上的每一行。所以，如果你awk '/genome/ {print $2,$3}' $file.hist得到的输出将看起来像

1 30 
2 27 
3 83

等，这意味着在bash脚本中，set命令做出以下变量赋值：

$1 = 1 
$2 = 30 
$3 = 2 
$4 = 27 
$5 = 3 
$6 = 83

等，但你只使用$1和$2，这意味着文件的其余内容 - 第一行之后的所有内容 - 都将被丢弃。

老实说，除非你正在做只是为了学习如何使用bash，我会说只是做它在AWK。由于awk会自动遍历文件中的每一行，因此可以很容易地将第2列和第3列相乘并保持运行总数。

awk '{ total += $2 * $3 } ENDFILE { print total; total = 0 }' fileone filetwo

ENDFILE这里是一个特殊的地址，这意味着“在每个文件的结尾运行此下一个块，而不是在每行”。

如果你是做这个教育目的，让我这样说：你需要知道在bash做算术的唯一的事情是，你应该永远不会做算术在bash :-P认真不过，当你想操纵数字，bash是该作业中适合使用的工具之一。但是，如果你真的想知道，我可以编辑它以包含一些关于如何主要在bash中执行此任务的信息。

来源

2013-03-15 21:22:36

感谢您的解释！这实际上是一个更大的bash脚本的一小部分，所以我试图把所有的东西都放在一起，只是为了简单。 – Joltex 2013-03-15 22:00:37

我同意awk是一般更适合这样的工作，但如果你是好奇什么是纯bash实施会是什么样子：

for f in file1 file2; do 
    total=0 
    while read -r _ x y _; do 
     ((total += x * y)) 
    done < "$f" 
    echo "$total" 
done

来源

2013-03-15 21:36:35

酷！谢谢。 – Joltex 2013-03-15 22:01:12

对变量用awk与运营

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