如何动态索引多维R数组？

我正在研究R中的一些数据，这些数据由三维空间和时间维度组成的四维数组组成：x，y，z，t。对于我的一些分析，我想获得一组空间坐标x，y，z的时间维度的所有数据。到目前为止，我已经使用了哪个函数来获得感兴趣空间位置的指数。但是，当我去获得与空间位置相对应的时间维度中的所有相关数据时，我无法找到一个优雅的R解决方案，并且使用了repmat，一个移植的MATLAB函数。如何动态索引多维R数组？

a4d <- array(rnorm(10000), rep(10,4)) #x, y, z, t 

#arbitrary set of 3d spatial indices x, y, z (here, using high values at first timepoint) 
indices <- which(a4d[,,,1] > 2, arr.ind=TRUE) 
str(indices) 

# int [1:20, 1:3] 10 2 6 5 8 2 6 8 2 10 ... 
# - attr(*, "dimnames")=List of 2 
# ..$ : NULL 
# ..$ : chr [1:3] "dim1" "dim2" "dim3" 

#Now, I would like to use these indices to get data x, y, z for all t 

#Intuitive, but invalid, syntax (also not clear what the structure of the data would be) 
#a4d[indices,] 

#Ugly, but working, syntax 
library(pracma) 

#number of timepoints 
nt <- dim(a4d)[4] 

#create a 4d lookup matrix 
lookup <- cbind(repmat(indices, nt, 1), rep(1:nt, each=nrow(indices))) 

#obtain values at each timepoint for indices x, y, z 
result <- cbind(lookup, a4d[lookup])

该解决方案对于指定的目的可行，但在概念上看起来很丑。理想情况下，我想在最后一个2维矩阵：索引x时间。因此，在这种情况下，在查找中具有20个x，y，z坐标以及10个时间点，20 x 10矩阵将是理想的，其中行代表每行索引（不需要保留x，y，z ，值一定），每一列都是一个时间点。

在R中有这样做的好方法吗？我已经打得四处do.call（“[”，列表... 等，并使用外部和督促，但我所希望的，这些都没有奏效。

感谢您的任何建议！迈克尔

来源

2012-07-17 Michael Hallquist

我认为你正在寻找：

apply(a4d, 4, `[`, indices)

，并检查我们的结果匹配：

result1 <- matrix(result[,5], ncol = 10) 
result2 <- apply(a4d, 4, `[`, indices) 
identical(result1, result2) 
# [1] TRUE

来源

2012-07-17 02:21:36 flodel

谢谢，flodel！我知道我让这个问题比它需要的更复杂。是的，使用沿着最后一个维度的前三个索引正是我所需要的。谢谢你的帮助。 -Michael – 2012-07-17 13:31:36

我可能失去了一些东西，但你不只是要a4d[indices[,1],indices[,2],indices[,3],]

来源

2012-07-17 01:55:58

单独访问每个维度不会像@ tilo-wiklund或我期望的那样工作。在10个时间步中，不是23行，而是10个时间步中的23x23x23立方体。

r.idvdim <- a4d[indices[,1],indices[,2],indices[,3],] 
r.apply <- apply(a4d, 4, `[`, indices) 
r.cbind <- matrix(a4d[lookup],ncol=nt) 

dim(r.idvdim)  # [1] 23 23 23 10 
dim(r.apply)  # [1] 23 10 
dim(r.cbind)  # [1] 23 10

来源

2012-09-17 13:26:55 Will

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