通过Shiny将图片上传到knitr文档

我使用Shiny和knitr的组合来创建PDF文档。通过Shiny将图片上传到knitr文档

目前我想添加功能，允许用户上传将被放置在创建的文件中的图片。然而，我真的被卡住了，因为我无法获得输入图片的路径。任何人都可以帮助我吗？

简单的例子：

应用：

library(knitr) 
library(shiny) 

ui <- fluidPage(

    sidebarLayout(
    sidebarPanel(
     fileInput("picture", label = 'Picture'), 
     downloadButton('report', label = 'Download PDF') 
    ), 

    mainPanel() 
) 
) 

server <- function(input,output){ 

    picture <- reactive({ 
    input$picture[,4] 
    }) 

    output$report = downloadHandler(
    filename = "test.pdf", 

    content = function(file){ 
     picture = picture() 

    out = knit2pdf(input = 'test.Rnw', compiler = 'xelatex', clean = TRUE) 
    file.rename(out, file) 
    }, 

    contentType = 'application/pdf' 
) 
} 

shinyApp(ui = ui, server = server)

和.Rnw文件：

\documentclass{article} 

\begin{document} 

Put picture here: 
<<echo = FALSE , message = F, results='asis'>>= 
cat(paste('\\includegraphics[height=3in]{', picture,'}')) 
@ 

\end{document}

部分'\includegraphics[height=3in]{', picture,'}显然是造成问题的原因，因为我不知道图片路径只是暂时的一。

来源

2016-07-14 An economist

上传的文件路径是'input $ picture $ datapath' –

是的但它是临时目录的路径，我不知道如何使它工作。此外，$ datapath与我的代码中的[，4]相同。 –

尝试在'.Rnw'文件中用'paste0'替换'paste'，否则会在文件名后找不到尾部空格并且找不到图片。 – NicE

你说你有光泽的服务器的工作，那么你应该不会介意的的完整路径图片，即使它在一个临时目录中（因为目前Shiny Server只能在Linux上运行，而LaTeX应该可以使用Linux文件路径，如/tmp/...../yourfile.png）。问题可能是datapath（即input$picture[, 4]）没有文件扩展名，所以LaTeX无法识别它。您可以尝试检索原始文件的文件扩展名，并将上传的图片复制到具有相同扩展名的临时文件中，例如

picture <- reactive({ 
    path1 <- input$picture$datapath 
    path2 <- tempfile(fileext = gsub('^(.*)([.].+)$', '\\2', input$picture$name)) 
    file.copy(path1, path2, overwrite = TRUE) 
    path2 
})

来源

2016-07-28 03:05:49

非常感谢您的回答，但我仍然可以运行我的错误上“test.tex”'运行“TEXI2DVI”失败。 LaTeX的错误： LaTeX的错误：！文件“/ tmp目录/ RtmpoSS6qz/4683e6ec5bcf520337300eb1/0”不found.'我可能失去了一些东西很简单，但我真的无法弄清楚 –

此外，我分配的活性功能'图片（） '用'content = function（file）{picture = pi简化'picture' cture（）' –

我明白了。对不起，我错过了。将在一分钟内更新答案。 –

我看到有两种方式解决：）

1的临时文件复制到您选择的文件夹，并使用该图片：如果你（在这种情况下，将R

observe({ 
     if (is.null(input$picture)) return() 
     picture<-"your/final/path/to/disk/uploadImage.jpg" # OR do a PASTE with the PATH and the upload file name 
     file.copy(input$picture$datapath, picture) 
     if(file.exists(picture)){ 
      # PROCESS THE IMAGE IF NEEDED 
     } 
     picture<<-picture # sometimes needed to R to see the variable outside the observe scope 
})

2）会话）不允许写入磁盘，您可以将该映像转换为base64变量并将其包含到Knitr文档中（或将其保存到数据库中作为字符串）。如果你愿意走这条弯路，这需要Knitr/HTML路线。（从服务器运行的R工作室在读取/写入时几乎总是有很多限制，只能作为ADMIN进行处理，而服务器将会话视为RStudio而不是您，因此Rstudio必须具有所需的读/写权限您运行Shiny应用程序作为自动Rstudio Shiny会话，而不是使用RUN直接从RStudio运行）

确保base64可以通过Rouside'observe'或'if'作用域使用'< < - '连同'< - '。 R的范围很特别，所以一定要正确测试。

你应该潜入这个的（Base64）与网站，如：

https://github.com/yihui/knitr/issues/944

https://github.com/yihui/knitr/blob/master/R/utils-base64.R

来源

2016-07-18 12:21:57 irJvV

非常感谢您的回应。我将致力于实施，并让您知道您的方法是否允许我解决问题。正如你指出的，我实际上使用Shiny服务器，因此在写入权限方面存在问题。这就是为什么我使用提供的解决方案[这里]（http://stackoverflow.com/questions/35800883/using-image-in-r-markdown-report-downloaded-from-shiny-app），但对于一些预定义的图像被放置在服务器上。我想知道当图像被用户上传时它是否可以应用于这种情况？ –

@经济学家，我会一直使用完整的系统路径（取决于系统从C：/ ....或/ .../...或ROOT开始，不希望在可以工作，但有些R程序员喜欢转移他们的工作目录（用setwd（）和getwd（）--- >>> not me though = ^）然后你就在盲人中......你可以，顺便说一句，总是在函数调用中获取临时文件目录：TEMPDIR（） – irJvV

通过Shiny将图片上传到knitr文档

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