使用rpy2与IPython笔记本？

Question

是否可以在IPython笔记本电脑上使用rpy2（调用ggplot2），然后保存它们（并像其他笔记本电脑一样在其他笔记本电脑上共享http://nbviewer.ipython.org/）？将rpy2 ggplots显示在笔记本中和/或以交互方式是否有任何挑战？如果有人能够提供一个示例会话并在ipython中使用rpy2在笔记本中创建一个ggplot2图的输出将会很有帮助。

Answer 1

它可能与使用rpy2的rmagic扩展。虽然你似乎需要print()这个数字来显示它。以下是一个示例会话：http://nbviewer.ipython.org/5029692

如果您更愿意直接使用rpy2，则必须有可能。看看rpy2 documentation for ggplot2。要将它放入笔记本中，可以使用PNG/SVG设备，然后从Python端读取（这是rmagic的功能）。

Answer 2

这是写在没有在rmagic看代码。 他们有一个更聪明的方式来做到这一点（我有11行代码）。

import uuid 
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image 

grdevices = importr('grDevices') 
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600): 
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4()) 
    grdevices.png(fn, width = width, height = height) 
    gg.plot() 
    grdevices.dev_off() 
    return Image(filename=fn) 

要尝试：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2 
from rpy2.robjects import Formula 
datasets = importr('datasets') 
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars'] 
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \ 
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \ 
    ggplot2.geom_point() + \ 
    ggplot2.geom_smooth() + \ 
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am')) 

ggplot_notebook(p, height=300)