Shell选项“OPTIONNAME”对我的脚本无法正常工作

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我有一个bash脚本，如果在运行脚本时提供特定的命令行标志，我想打印出该消息。例如，这里是我的bash脚本Shell选项“OPTIONNAME”对我的脚本无法正常工作

while getopts ":hi:l:1:2:U:O:s:p:5:3:qQm:M:I:X:" opt; do 
    case $opt in 
    i) 
    index_folder=$OPTARG # Input folder 
    ;; 
    l) 
    lib_type=$OPTARG # Library type 
    ;; 
    1) 
    left_reads+=("$OPTARG") # Left reads 
    ;; 
    2) 
    right_reads=("$OPTARG") # Right reads 
    ;; 
    U) 
    single_reads+=("$OPTARG") # single end reads 
    ;; 
    O) 
    bam_out=$OPTARG # Samoutput file 
    ;; 
    s) 
    sra_id=$OPTARG # SRA ID 
    ;; 
    p) 
    num_threads=$OPTARG # Number of threads 
    ;; 
    5) 
    five_trim=$OPTARG # 5' trim 
    ;; 
    3) 
    three_trim=$OPTARG # 3' trim 
    ;; 
    q) 
    quality_33=$OPTARG # Phred 33 
    ;; 
    Q) 
    quality_64=$OPTARG # Phread 64 
    ;; 
    m) 
    min_intl=$OPTARG # Minimum intron length 
    ;; 
    M) 
    max_intl=$OPTARG # Maximum intron length 
    ;; 
    t) 
    tra_as=$OPTARG # Report alignments tailored for transcript assemblers including StringTie 
    ;; 
    c) 
    tra_cuff=$OPTARG # Report alignments tailored specifically for Cufflinks 
    ;; 
    esac 
done 


if [ ! -z $left_reads ] && [ ! -z $right_reads ]; then 
    echo "original" 

elif [ ! -z $left_reads ] && [ ! -z $right_reads ] && [ ! -o $quality_33 ]; 
then 
    echo "quality" 
fi

而当我尝试像这样运行。它打印正确

sh test.sh -i index -l "F" -1 reads_1.fq -1 e_coli_1000_1.fq -2 reads_2.fq -2 e_coli_1000_2.fq -p 2 -O final_bam -5 10 -3 10 -m 20 -M 200 
original

然而，当我尝试包括一个额外的选项（相当于第二个条件 - “质量”），它仍然打印第一输出

sh Hisat2_align.sh -i index -l "F" -1 reads_1.fq -1 e_coli_1000_1.fq -2 reads_2.fq -2 e_coli_1000_2.fq -p 2 -O final_bam -5 10 -3 10 -m 20 -M 200 -q 
original

我在做什么错这里？

来源

2017-02-13 upendra

[MCVE] - 你的代码是远远最小的，我什至不知道你在问什么。 – melpomene

根据您的optstring，-q不带任何参数，所以quality_33=$OPTARG分配空字符串变量
- 的，而之前宣布quality_33=0，在这种情况下，分支使用quality_33=1
由于您正在使用elif来测试-q和if条件是真的，你永远不会看到“质量”
测试[ ! -o $quality_33 ]永远不会为真：变量是空的，所以庆典看到
[ ! -o ] - 在这种情况下，“O”被作为一个纯字符串不是一个运算符，并且一个普通的非空字符串总是为真。然后你否定这个结果。当使用单支架，总是引用您的变量：
```
elif [ ! -z "$left_reads" ] && [ ! -z "$right_reads" ] && [ "$quality_33" -eq 1 ] 
```

来源

2017-02-13 01:44:09

当读取一个没有参数的选项时，'getopts'实际上是否重置了'OPTARG'？ – melpomene

是的。一个例子：'set - -a 1 -b; OPTIND = 1;而getopts“a：b”opt; do echo“> $ opt < > $ OPTARG <”;完成' –

有趣。这种行为似乎没有记录。 – melpomene

Shell选项“OPTIONNAME”对我的脚本无法正常工作

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