C＃.net HDF5 Nunit问题？

我们在我们的.NET应用程序中集成了HDF5库。C＃.net HDF5 Nunit问题？

由于HDF5库不是线程安全的，我们使用lock（）封装了它。我们的程序的一个线程在单个和独占的.h5文件上工作。

一些计算是并行完成的。对于并行部分，我们使用：从

线程
Parallel.foreach（）

：

的System.Threading
System.Threading.Tasks。

一切工作的时候，我们正在执行一些单元测试与NUnit的V3.2.1螺纹，parallel.foreach，每个的单个实例上的一个单一的.h5文件，最终值文件execpt（因为它们是读取和写入多次）在我们的.h5文件中是不正确的（否则它们是正确的）。

我们怀疑HDF5库对所有四种组合（HDF5，NUnit，Threads，Parallel.foreach）都有问题。我们并不清楚发生了什么。

工具：Visual Studio 2015 Pro，NUNit v3.2.1和NUnit3TestAdapter v3.5.1。

有什么建议吗？

在此先感谢。

这里是我们如何写我们的文件里面的一些数据的样本：

public void SetGroupAttribute(H5LocId hdf5Handle, string location, string attribute, int value) 
    { 
     lock (AccessLock) 
     { 
      // Retrieve the attribute to read 
      var attributeId = GetAttribute(hdf5Handle, location, attribute); 

      H5GroupId rootId = null; 
      if (attributeId != null) 
      { 
       // Remove the old attribute 
       rootId = H5G.open(hdf5Handle, location); 
       H5A.Delete(rootId, attribute); 
       H5G.close(rootId); 
      } 

      // Create and set the new attribute value 
      H5DataSpaceId spaceId = H5S.create(H5S.H5SClass.SCALAR); 
      var attributeType = H5T.copy(H5T.H5Type.NATIVE_INT); 

      rootId = H5G.open(hdf5Handle, location); 
      attributeId = H5A.create(rootId, attribute, attributeType, spaceId); 
      H5G.close(rootId); 

      // Set the attribute value 
      int[] dims = new int[1]; 
      dims[0] = value; 
      H5A.write<int>(attributeId, attributeType, new H5Array<int>(dims)); 
      H5A.close(attributeId); 
     } 
    }

来源

2016-11-22 Fabi1

如果您使用锁，使用'Parallel'有什么意义？此外，锁定不会使魔术变成线程安全的。 AcessLock是静态还是实例字段？其他人使用手柄吗？ –

我*不会*使用锁定来保护这样的资源。我会使用ActionBlock ]（https://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh194684（v = vs.110）.aspx）将消息发布到使用单个任务执行修改的块。 –

并行用于我们的不同计算（因为我们同时计算多个数据）。 AccessLock是一个单例内部的实例字段（对象）（其中.h5 IO方法在此处）。我会检查ActionBlock。谢谢！ – Fabi1

到目前为止，我解决了在做每一次下保持相同的配置（NUnit的，线程和Parallel.foreach）问题我编辑HDF5文件：

打开文件
待办事项IO操作
关闭文件
重新打开在读/写模式（H5F.OpenMode.ACC_RDWR）文件
关闭文件

每个操作通过使用我们的HDF5辅助单内部锁固定。这是因为一次一个线程正在处理一个.h5文件。

当您关闭.h5文件时，HDF5库似乎会执行异步操作，因为此步骤中的数据被推入文件中。

该文件不清楚。

我采取这种想法从这个线程： HDF5 Example code

HDF5文件约H5F.Close： http://hdf5.net/api/M_HDF5DotNet_H5F_close_1_4829088c.aspx

来源

2016-11-23 09:03:25 Fabi1

的问题现在已经解决了。

我们的操作之一忘了关闭HDF5文件中的数据集元素，导致H5F.Close无效。

症状：

文件仍在使用的图书馆
新的数据不会被刷新到文件

解决方案：

检查从每一个对象HDF5库一旦使用过，就必须关闭。

来源

2017-10-02 07:57:22 Fabi1

C＃.net HDF5 Nunit问题？

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