传递给os.system（）的shell命令失败：sh：2：语法错误：“|”意外的

当我在bash中运行脚本时，出现错误：sh: 2: Syntax error: "|" unexpected。我不知道为什么，我想在这里使用管道，并且使用该命令的perl脚本能够工作，但我需要Python。输入（文本文件）的传递给os.system（）的shell命令失败：sh：2：语法错误：“|”意外的

例子：

Kribbella flavida 
Saccharopolyspora erythraea 
Nocardiopsis dassonvillei 
Roseiflexus sp.

脚本：

#!/usr/bin/python 

import sys import os 

input_ = open(sys.argv[1],'r') output_file = sys.argv[2] 
#stopwords = open(sys.argv[3],'r') 



names_board = [] 

for name in input_: 
    names_board.append(name.rstrip()) 
    print(name) for row in names_board:  
    print(row)  
    os.system("esearch -db pubmed -query %s | efetch -format xml | xtract -pattern PubmedArticle -element AbstractText >> %s" % (name, 
output_file))

来源

2016-11-05 MTG

如果用'print'替换'os.system'，会得到什么？这看起来合理吗？ –

你在使用什么操作系统？你读过“man esearch”，“man efetch”和“man xtract”吗？ –

这个ubuntu，但这个程序是ncbi的eutilies。 – MTG

可能无关的问题是你没有正确引述该命令的输入和输出文件名。使用

os.system('esearch -db pubmed -query "%s" | efetch -format xml | xtract -pattern PubmedArticle -element AbstractText >> "%s"' % (name, output_file))

然而，即使这不是万无一失的所有法律文件名（如包含双引号的文件名）。我建议使用subprocess模块代替os.system，而使壳出来的过程的共

esearch = ["esearch", "-db", "pubmed", "-query", name] 
efetch = ["efetch", "-format", "xml"] 
xtract = ["xtract", "-pattern", "PubmedArticle", "-element", "AbstractText"] 
with open(sys.argv[2], "a") as output_file: 
    p1 = subprocess.Popen(esearch, stdout=subprocess.PIPE) 
    p2 = subprocess.Popen(efetch, stdin=p1.stdout, stdout=subprocess.PIPE) 
    subprocess.call(xtract, stdin=p2.stdout, stdout=output_file)

来源

2016-11-05 15:18:03 chepner

的问题是，name包含终止从输入读出的行中的换行。当您在shell命令中插入name时，换行符也被插入，然后shell将其视为第一个命令的结尾。但是，第二行然后以管道符号开始，这是一个语法错误：管道符号必须位于同一行上的命令之间。

一个很好的提示，说明问题出在sh报告错误第2行，而该命令似乎只包含一行。然而，替代后，它是两条线，第二条是有问题的。

来源

2016-11-06 00:48:53 rici

传递给os.system（）的shell命令失败：sh：2：语法错误：“|”意外的

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