在Ubuntu 16.04上安装Rmpi VirtualBox

我在VM VirtualBox上创建了一个新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64机器，我希望能够在Rmpi中使用R环境。在Ubuntu 16.04上安装Rmpi VirtualBox

以下两种方法都会给出类似的错误。

更新简化预建立的二进制方法：

当Ubuntu的已安装的I开了一个终端并执行以下命令：

~$ sudo apt-get update 
~$ sudo apt-get install openmpi-bin 
~$ sudo apt-get install r-base 
~$ sudo apt-get install r-cran-rmpi 
~$ R

这打开了R端子和我调用后续功能导致出现错误：

> library(Rmpi) 
libmpi.so: cannot open shared object file: No such file or directory 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details: 
call: fun(libname, pkgname) 
error: Cannot start MPI_Init(). Exit 
Error: package or namespace load failed for ‘Rmpi’

我尝试过的其他方法inc inc lude使用本地OpenMPI安装，并使用R功能install.packages安装Rmpi软件包（请参阅下文）。这些都导致了相同的错误。

我也试过用MPICH代替~$ sudo apt-get install mpich作为上述过程中的第二个命令（包括使用R函数来安装软件包），这会导致更加繁重的运行时错误。

有谁知道我做错了什么，或者我能做些什么来解决这个安装错误？

或者，任何人都可以使用任何Linux发行版或带有预装组件的映像成功安装带有Rmpi的VirtualBox机器？

原始本地安装方法：

我按照上this blog说明下载的openmpi版本2.1.0，编译和安装它。然而，当我尝试R中与安装：

> install.packages("Rmpi", configure.args = 
    c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/openmpi/include", 
    "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/openmpi/lib", 
    "--with-Rmpi-type=OPENMPI", 
    "--with-mpi=/home/jormunr/openmpi/"))

它提供了以下错误

Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details: 
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
    error: unable to load shared object '/home/jormunr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rmpi/libs/Rmpi.so': 
libmpi.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed

我可以看到“libmpi.so.20”文件是在/ home/jormunr/openmpi/lib，我将其作为安装的参数之一提供。

来源

2017-03-29 Jörmunr

''sudo apt-get install r-cran-rmpi'，因为我们确实有Rmpi作为预构建二进制文件。如果您必须使用本地OpenMPI安装，请检查autoconf代码。 –

在启动R之前执行'export LD_LIBRARY_PATH =/home/jormunr/openmpi/lib：$ LD_LIBRARYP_PATH'。您也可以将它放在shell的启动文件中。它将允许运行时链接编辑器查找MPI库。 –

@DirkEddelbuettel - 感谢您的评论。我很高兴使用预建立二进制。我尝试使用'sudo apt-get install r-cran-rmpi'来获取二进制文件，但是当我进入R并加载了'library（Rmpi）'时，我得到了相同的错误： libmpi.so：can not打开共享目标文件：无此文件或目录错误：.inLoad在'Rmpi'的loadNamespace（）中失败，详细信息：调用：fun（libname，pkgname）错误：无法启动MPI_Init（）。退出错误：'Rmpi'包或命名空间加载失败 –

[免责声明：我不是Linux专家，只是具有用户级别的技能。从专家的任何捐款或更正，将不胜感激。]

预构建二进制方法

虽然尝试各种方法来安装预编译的二进制我没拿到这个选项奏效。这涉及在终端中执行命令'sudo apt-get install r-cran-rmpi'来安装r-cran-rmpi预编译软件包，该软件包也会自动安装列出的先决条件libopenmpi1.10软件包。但是，libmpn.l0文件中没有包含libmpi.so文件，但Rmpi库预期会在R环境中导致无法找到该文件的错误。

本地安装方法

本地安装并最终与一些修改成功。我使用默认设置创建了一个新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64 VirtualBox映像，除了2048MB的内存和32GB的硬盘空间。安装后，我打开一个终端并执行the Jovinge Lab website中的命令，其中包含修改运行时链接编辑器路径的penultimate命令，并使R的install.package（）函数能够找到'libmpi.so'文件。（也改变了版本1.10.6到，因为这是版本1的最新版本发布 - 见下面的第2版）

~$ cd /home/jormunr 
~$ wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/downloads/openmpi-1.10.2.tar.gz 
~$ tar -zxvf openmpi-1.10.6.tar.gz 
~$ cd openmpi-1.10.2 
~$ ./configure --prefix=/home/jormunr 
~$ make 
~$ make install 
~$ sudo apt-get install r-base 
~$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/jormunr/lib:$LD_LIBRARY_PATH 
~$ R

这将打开的R端子和我调用函数：

> install.packages("Rmpi", configure.args = 
+ c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/include/", 
+ "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/lib/", 
+ "--with-Rmpi-type=OPENMPI", 
+ "--with-mpi=/home/jormunr/"))

现在，这没有错误执行，我可以用下列R-语句测试：

> library("Rmpi") 
> mpi.spawn.Rslaves() 
master (rank 0, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla 
slave1 (rank 1, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla 
> mpi.close.Rslaves() 
[1] 1 
> mpi.quit()

当我试图此过程中与的openmpi版本2.1.0安装成功完成，但ABO测试有问题; mpi.spawn.Rslaves（）函数完成，但mpi.close.Rslaves（）没有完成 - 它从未返回并且终端被挂起。

来源

2017-04-02 12:32:03

在Ubuntu 16.04上安装Rmpi VirtualBox

回答

相关问题