如何在ipython笔记本中运行交互式jmol或jsmol对象

我想为一个研讨会做一个演示文稿，我想交互式地展示一个蛋白质结构（3D旋转，甚至可能改变它显示的模型，如卡通，线框，球&棒，...）如何在ipython笔记本中运行交互式jmol或jsmol对象

我想这是行内，而不是在单独的窗口或文件。

我能想到的两种可能的解决方案。

其中之一就是调用一个内嵌输出到笔记本的软件，假设我通过bash使用输入文件运行Jmol，然后从笔记本上操作整个东西（请注意，我使用的是ipython笔记本，但我愿意安装jupyter或任何其他的东西，如果这需要解决方案）。如果我可以将其与任何其他软件一起使用，这将是一个非常令人厌恶的过程，但我不认为这很容易，甚至不可能。

另一种方法是链接到一个已经运行的Jmol或jsmol对象在同一浏览器，不同的标签，并显示在笔记本内嵌同样的事情，并从那里转动它，因为我至今。我想这是更可能是可能的，因为它们都是在同一个浏览器中运行，并都知道HTML和JavaScript这样有共同语言。（我不知道太多关于HTML，JavaScript或PHP的，但我认为这是可能做到这一点）如果打开此链接

：

http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=1A0K&bionumber=1

你会看到转动对象。如果我运行Firebug来检查这个对象，它会给我：

canvas id =“jmolApplet0_canvas2d”style =“width：100％; height：100％; z-index：9002; cursor：default;” WIDTH =“600” HEIGHT =“600”

，但这是没多大用我的，因为我不明白。它看起来像XML代码，喜欢一个函数或类的输入，但我不知道如何在笔记本演示文稿中运行它。

我也试图保存对象，然后使用python解析它，但是这只会给我3D对象的点，并且不会给对象着色或给表面，或者至少我不会知道如何。（我说的是VRML）

对于IPython的笔记本上运行内嵌的东西，我发现：

％matplotlib nbagg

是工作，但没有别的。

任何帮助表示赞赏。

我使用的是python3，ipython3 notebook，ubuntu 16.04，firefox，但是我可以安装任何可以解决我的问题的东西，甚至可以在virtualbox中使用windows。

来源

2017-07-02 Mátyás Csongor

我已经搜查了很多，我发现奥利弗Stueker的GitHub的网站工作的例子：https://github.com/ostueker/simple_jmol_demo

唯一的问题，我与它的是我需要的.pdb文件，而不是CML，因为没有按CML” t包含二级结构信息。我搜索一些，发现张贴jhjensen2另一个几乎工作示例：https://gist.github.com/jhjensen2/4701339

于是我想出了这一点：

%%html 
<!doctype html> 
<html> 
    <title>A simple Jsmol example</title> 
<head> 
    <script type="text/javascript" src="jsmol/JSmol.min.js"></script> 

    <script type="text/javascript"> 
    var Info = { 
     width: 500, 
     height: 500, 
     j2sPath: "jsmol/j2s", 
    } 
    </script> 
</head> 
<body> 
    <script type="text/javascript"> 
     jmolApplet0 = Jmol.getApplet("jmolApplet0", Info); 
     Jmol.script(jmolApplet0,"background black; load 1a0k.pdb; wireframe only; spin on") 
    </script> 
    <br clear="all"/> 
     <b>Model:</b> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'wireframe only; ');" checked="checked">Wireframe</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'cartoon only; ');">Cartoon</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'backbone only; ');">Backbone</input> 
     <b>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Spin:</b> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'spin off; ');" checked="checked">Off</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'spin on; ');">On</input></br> 
    <br clear="all"/> 
     <b>Color:</b> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color cpk; ');" checked="checked">Atom</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color structure; ');">Secondary</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color chain; ');">Chain</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color amino; ');">Residue</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color group; ');">Group</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color monomer; ');">Monomer</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color relativeTemperature; ');">Relative temp.</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color fixedTemperature; ');">Fixed temp.</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color black; ');">Black</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color white; ');">White</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'color grey; ');">Grey</input> 
     </br> 
    <br clear="all"/> 
     <b>Background:</b> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background black; ');" checked="checked">Black</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background white; ');">White</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background red; ');">Red</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background green; ');">Green</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background blue; ');">Blue</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background yellow; ');">Yellow</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background cyan; ');">Cyan</input> 
     <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0, 
     'background magenta; ');">Magenta</input></br> 
</body>

您可以使用此作为IPython的笔记本魔术。

编辑：那么现在只有当您加载的文件不是.pdb文件，但它会加载一个.cml文件，您可以使用Avogadro进行加载。该代码将仅在浏览器中加载.pdb文件，而不是在ipython笔记本中加载。可能没有办法将两者结合起来。如果我在中使用load inline，它对我不起作用，但它在Jmol.getApplethtml中工作，但只对.cml文件起作用，不适用于.pdb文件。 :(

来源

2017-07-09 11:20:51

如何在ipython笔记本中运行交互式jmol或jsmol对象

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