准备一个Perl文件与Ubuntu和tabix运行

我不知道Ubunto或Perl，但仍然需要安装和运行一个程序。这是我在看：http://vcftools.sourceforge.net/docs.html 准备一个Perl文件与Ubuntu和tabix运行

在安装部分也这样说：

要构建vcftools可执行文件，键入vcftools文件夹中的“make”。

Perl脚本要求VCF文件由bgzip压缩，通过tabix索引（这两个工具都是tabix软件包的一部分，可在此下载的可用）。这两个工具都必须位于PATH环境变量中列出的目录中。对于运行Perl脚本，该 PERL5LIB环境变量必须设置为包括Vcf.pm模块

出口PERL5LIB = /路径/到/你/安装/ perl的

这样就OK了，我和提取将他们的VCFtools文件夹复制到Ubuntu的home文件夹中。然后我说“make”它给出了错误，然后我去下载了tabidx工具，但是从这一点上我不知道该怎么处理它，好吧，我下载了tabidx，但下一步该怎么做？

谢谢。

来源

2012-07-31 Bohn

接下来，你应该尝试修复你得到了错误。 – ikegami 2012-07-31 17:28:13

如果你有一个简单的Ubuntu安装，它甚至没有'make'，所以你应该先安装它。 'sudo aptitude install build-essential'会引入'make'等一些常用的开发工具，但是可能会有更多的东西需要安装。 – tripleee 2012-07-31 18:05:04

@tripleee：它说“sudo：aptitude：command not found” – Bohn 2012-07-31 19:56:15

如果给一个 - 并且只有一条线 - 你可以这样做：

export PERL5LIB=$(dirname $(find . -name Vcf.pm))

来源

2012-07-31 17:59:04 Axeman

找到两个： “/root/vcftools_0.1.9/lib/perl5/site_perl/Vcf.pm”还有 “/root/vcftools_0.1.9/perl/Vcf.pm” – Bohn 2012-07-31 19:54:22

@BDotA，我可能会使用'site_perl'路径。 – Axeman 2012-08-01 00:37:05

准备一个Perl文件与Ubuntu和tabix运行

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