我已使用Ubuntu 16.04.LTS和RStudio（请参见下面的sessionInfo()输出）重新激活我的休眠Amazon EC2微型实例（感谢AMI的Louis Aslett）。在首先运行AWS实例之后，我运行了sudo apt-get update。在AWS EC2 for R（xlsx和其他软件包）上安装Java，rJava
当我尝试安装中的R工作室一些软件包（例如XLSX及其他）（我有由于缺少Java中，这似乎是一个常见的问题的错误）。我跟着建议：1）安装（例如用于像xlsxrJava，和xlsxjars）separately依赖性; 2）apt-get install r-cran-rjava，如建议here。然后检查所安装的java -version显示
OpenJDK的版本 “1.8.0_131”
OpenJDK的运行时环境（建1.8.0_131-8u131-b11-0ubuntu1.16.04.2-B11）
OpenJDK的64位服务器VM （建25.131-B11，混合模式），提出了
类似的问题“rJava load error in RStudio/R after “upgrading” to OSX Yosemite”，在这里“error: unable to load installed packages...”，该解决方案似乎是java的路径被链接至R export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_LD_LIBRARY_PATH或设置R的ENV地方。变量Sys.setenv(JAVA_HOME='/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server')。
但是，运行R CMD javareconf -e发现（我想）一些更深层次的问题（see Image）& /或片段：
R CMD javareconf -e
Java interpreter : /usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_131
Java home path : /usr/lib/jvm/default-java
Java compiler : not present
Java headers gen.:
Java archive tool:
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags :
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:132: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program
The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
Running: /bin/bash与Java编译器：不存在，
conftest.c：1：17：致命错误： jni.h：没有这样的文件或目录 编译终止。/usr/lib中/ R的/ etc/Makeconf：132：配方目标 'conftest.o' 失败
然后我发现一个问题： “how to make jni.h be found?”：这里的最佳解决方案建议gcc -I/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include 检查同一目录cd /usr/lib/jvm/并列出其内容ls --all表明：
.DEFAULT的Java
的.java-1.8.0-的OpenJDK-amd64.jinfo
..java-1.8.0-的OpenJDK-AMD64 的java -8- openjdk-amd64
运行，gcc -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-amd64/include导致：gcc: fatal error: no input files 此外，我已经试过sudo apt-get install openjdk-X-jdk（这是建议的答复“how to make jni.h be found?”中），但可能是包不存在了‘无法找到包的OpenJDK-X-JDK’。
不幸的是，我被卡住了，并且没有足够的技巧来实现其他（看起来更复杂的解决方案）。我真的很感谢一些帮助/输入。
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.1 LTS
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] parallel compiler stats graphics grDevices utils datasets
[8] methods base
other attached packages:
[1] openxlsx_4.0.17 qdapTools_1.3.1 qdapRegex_0.7.2
[4] qdapDictionaries_1.0.6 stringr_1.1.0 stringi_1.1.2
[7] dplyr_0.5.0 tm_0.7-1 NLP_0.1-10
[10] scales_0.4.0 RColorBrewer_1.1-2 ParallelForest_1.1.0
[13] doMC_1.3.4 iterators_1.0.8 foreach_1.4.3
[16] boot_1.3-18 reshape2_1.4.1 glmm_1.1.1
[19] Matrix_1.2-6 mvtnorm_1.0-5 trust_0.1-7
[22] ggplot2_2.1.0 shiny_0.13.2
loaded via a namespace (and not attached):
[1] gtools_3.5.0 slam_0.1-40 lattice_0.20-33
[4] colorspace_1.2-7 htmltools_0.3.5 chron_2.3-50
[7] XML_3.98-1.7 DBI_0.5-1 plyr_1.8.4
[10] munsell_0.4.3 gtable_0.2.0 codetools_0.2-14
[13] httpuv_1.3.3 gender_0.5.1 Rcpp_0.12.7
[16] xtable_1.8-2 gdata_2.17.0 mime_0.5
[19] gridExtra_2.2.1 digest_0.6.10 grid_3.3.1
[22] tools_3.3.1 bitops_1.0-6 magrittr_1.5
[25] RCurl_1.95-4.8 tibble_1.2 data.table_1.10.4
[28] assertthat_0.1 R6_2.2.0 igraph_1.0.1
虽然我通常不说，使用另一种工具，你可以考虑使用'readxl'包呢？它不依赖于Java，从而避免了所有这些令人头疼的问题。 – cdeterman
谢谢你的答案和好主意。其实，我想运行一个闪亮的应用程序，我的（真正的）问题不是xlsx，而是qdap。 – mmatt