随机化和分层树

我试图对数据矩阵进行1000次排列，然后在“R”中进行层次聚类，因此1000次随机化后我的数据上有最终的树。这是我迷路的地方。我有这样的循环随机化和分层树

for(i in 1:1000) 
    { 
    permuted <- test2_matrix[,sample(ncol(test2_matrix), 12, replace=TRUE)]; (this permutes my columns) 
    d = dist(permuted, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2); 
    clust = hclust(d, method = "complete", members=NULL); 
    } 
    png (filename="cluster_dendrogram_bootstrap.png", width=1024, height=1024, pointsize=10) 
    plot(clust)

我不知道，如果最终的树是1000个随机化或刚刚过去的树，它在回路计算后的产物。另外如果我想在树上显示引导值，我该如何去解决它？

非常感谢！

来源

2012-04-17 DianaHelen

您示例中的clust的值确实是循环中计算的最终树。下面是制作和保存1000个排列你的矩阵

make.permuted.clust <- function(i){ # this argument is not used 
    permuted <- data.matrix[,sample(ncol(data.matrix), 12, replace=TRUE)] 
    d <- dist(permuted, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2) 
    clust <- hclust(d, method = "complete", members=NULL) 
    clust # return value 
} 

all.clust <- lapply(1:1000, make.permuted.clust) # 1000 hclust trees

你问题的第二部分应回答here的一种方式。

来源

2012-04-17 11:24:03

它给我这个错误：错误match.fun（FUN）： 'make.permuted.clust（test2_matrix）' 不是一个函数，字符或符号 – DianaHelen 2012-04-17 11:50:14

对不起，lapply中的函数不应该有参数。现在已经修复了。 – 2012-04-17 11:54:47

非常感谢您的帮助！ – DianaHelen 2012-04-17 12:06:08