从其他号码的网站中提取数字列

生物化学家/生物信息学使用此网站（http://dgpred.cbr.su.se/index.php?p=TMpred）。进入蛋白质序列后，你会得到这样的事情：从其他号码的网站中提取数字列

http://dgpred.cbr.su.se/analyze.php?with_length=on&seq=RGFTPLQWECVMASDFGHH

一些数据在顶部和底部，并在中间的4列，其中第四是我们想要的数据。我想从第四列（对于很多蛋白质序列）中取出这些数字并放入Excel中。

我目前的工作流程（Mac OS X）是将所有内容复制到RTF格式的文本编辑器中，然后拖动数字（以便只选择第四列的数字），然后执行我的AppleScript ：

do shell script "pbpaste | sed 's/[^0-9.-]//g' | pbcopy" 
do shell script "pbpaste | sed '/^$/d' | pbcopy"

我在正则表达式仅仅初学者，但这种成功给我留下了由换行符分隔的数字，准备一个漂亮的名单被粘贴到Excel中。

什么是真正的甜蜜是沟文本编辑步骤，只是让正则表达式直接从网站采取数字。但是，这超出了我的水平。任何人都可以帮助我吗？即，只能从第4列

来源

2013-01-12 Johan

所以你想提取'Delta G aa（i）应用程序列，对不对？ – 2013-01-12 21:28:04

这是正确的 – Johan

选择号码。当我复制这个数据我得到这样的结果：在每个奇数行

R 1 -9.00   
     +0.03 
G 2 -8.00   
     +0.36 
F 3 -7.00  
-0.26

3列，从一个[A-Z]，你想在那么数据后续的行。你想

号码有两种形式：

^\t {3}([-+][0-9]+\.[0-9]{2})$ //for the red numbers

和：

^([-+][0-9]+\.[0-9]{2}) {3}\t$ //the green numbers

您可以提取这两种类型是这样的：

^(\t {3})?([-+][0-9]+\.[0-9]{2})({3}\t)?$

第二捕获组，([-+][0-9]+.[0-9]{2})是您所在的内容：

s/^(\t {3})?([-+][0-9]+\.[0-9]{2})({3}\t)?$/$2/g

而不是Applescript，考虑BBEdit或Textwrangler，您可能会发现更容易使用。

把这个在搜索领域：

\r[A-Z].*\r(\t {3})?([-+][0-9]+.[0-9]{2})({3}\t)?$

，这在替换：

\ r \ 2

选择 “全部替换”

如何作品

在BBE/TW

重要细节，捕捉的群体被称为\ 1 \ 2 \ 3，而不是$ 1，$ 2，$ 3 ...

来源

2013-01-12 21:43:23 foundry

哇你很擅长这个。不幸的是，我不是。我可以问你是怎么做到的？我尝试制作一个applescript（我知道在剪贴板上运行正则表达式的唯一方法）'do shell script“pbpaste | sed's/^（\ t {3}）？（[ - +] [0-9] + \。[0-9] {2}）（{3} \ t）$/$ 2/g'| pbcopy“'但它给了我一个语法错误 – Johan

我不知道applescript - 它会运行或者在BBEdit的搜索字段中。您可能会喜欢BBEdit的缩减版本，[Textwrangler]（http://www.barebones.com/products/textwrangler/index.html） - 我认为它是免费的。它会对文件批处理进行grep搜索和搜索。 – foundry

@ user1461829，请参阅我的最新答案，以及BBEdit/Textwrangler使用的精确说明 – foundry

我注意到，浏览器复制表不同。当我想从网页复制表格数据时，我倾向于尝试使用IE/Chrome/Opera浏览器，因为 - 至少在Windows上 - 我可以直接将复制的表格直接粘贴到Excel中，并保留所有列。另一方面，Firefox往往会把桌面搞乱。

使用Opera复制有问题的表格并从单元格A1粘贴到Excel中，我得到F列中的所有绿色数字和H列中的红色。然后，在行1右侧的列中键入以下公式并拖动单元格的角落以复制下一行：

=IF(AND(ISBLANK(F1), ISBLANK(H1)), "", IF(ISBLANK(F1), H1, F1))

现在在这个新列中我看到了数据。我可以在原始数据顶部粘贴一个新表格，并将公式重新计算到右侧。（其他浏览器的实际列可能不同）。

我承认这不是一个完全自动化的解决方案，但我发现这种方法在很多情况下都快速有用，我认为它值得分享。而座右铭：如果起初您的浏览器选择不正确，请尝试另一种！

来源

2013-01-12 23:22:01 wardies

真的很欣赏那个配方。在这种情况下，对我来说这不是理想的解决方案，但是我有很多类似的情况，这个公式适合我完美。谢谢！ – Johan

从其他号码的网站中提取数字列

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