流水线切割排序uniq

尝试从sam文件中获取某个字段，对其进行排序，然后在文件中查找唯一编号的数量。我一直在努力：流水线切割排序uniq

cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt | 
uniq -c sortedfield2.txt

试图分类编号到一个新的文件或相同的文件，我刚开始一片空白时，切割工作，从第二场拉出数不过来。我曾尝试将管道分成几部分，但仍然出现相同的错误。我打算使用这三个函数来实现输出计数。

来源

2017-08-16 user1381852

好的。我们被教导说管道是迭代的;当它完成一部分时，它会转向下一部分。感谢那。 – user1381852

我不确定你被教了什么，但我想你可能只是错过了一些观点（什么是迭代，甚至意味着在管道中什么是“管道”？）。不用担心，这些都可以被清理和学习，但是你可能想在一段时间内仔细研究shell管道和重定向。 – Evert

相关（几乎重复，但答案将在问题本身）：https://stackoverflow.com/questions/21584727/using-linux-cut-sort-and-uniq?rq=1和https：// stackoverflow。 com/questions/9609322/sorting-and-counting-method-faster-then-cat-file-sort-uniq-c？rq = 1。 – Evert

使用

cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c

在你的原代码，您要重定向的cut输出到field2.txt，并在同一时间，输出试图管进入sort。这是行不通的（除非你使用tee）。将命令分成单独的命令（例如，使用;）或不要将输出重定向到文件。

同上下半年，在那里你写输出到sortedfield2.txt，因此最终什么都没有去stdout，没有任何东西被输入到uniq。

所以另一种可能是：

cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt

这是一样的

cut -f 2 practice.sam > field2.txt 
sort -o field2.txt sortedfield2.txt 
uniq -c sortedfield2.txt

来源

2017-08-16 03:17:24 Evert

你可以使用这个命令：

cut -f 2 practise.sam | uniq | sort > sorted.txt

在你的代码是错误的。错误是“没有这样的文件或目录”。由于管道。你可以在这个链接学习如何使用它

https://www.guru99.com/linux-pipe-grep.html

来源

2017-08-16 03:33:53

流水线切割排序uniq

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