bash脚本按顺序执行程序

我尝试使用bash脚本时出现问题。我有一个包含1000个文件的目录，我希望按顺序使用每个文件运行一个命令。但是，每个文件都与另一个文件配对，例如File1.sam，File1.gz，File2.sam，File2.gz等。而我正在执行的命令要求将两个文件作为参数使用。当只需要一个参数时，我一直在使用类似于以下命令的东西，并且我认为（错误地）我可以简单地像下面那样扩展它。bash脚本按顺序执行程序

shopt -s nullglob 
for myfile1 in *.sam && for myfile2 in *.gz 
do 
./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta $myfile1 $myfile2 > $myfile1.sam2 2>$myfile1.log 
done

任何人都知道我可以如何修改这个或以另一种方式指向我？

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2013-03-16 user1308144

shopt -s nullglob 
for myfile1 in *.sam 
do 
    myfile2=$(echo $myfile1|sed s/.sam$/.gz/) 
    ./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta $myfile1 $myfile2 > $saiFile.sam 2>$saiFile.log 
done

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2013-03-16 22:44:09 piokuc

仅使用其中一个扩展名（例如*.gz）对文件进行迭代，并使用sed来获得匹配的.sam文件。

像这样：

for myfile1 in *.sam 
do 
    sam_name=`echo $myfile | sed -e s#gz\\$#sam#` 
    ./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta  $myfile1 $myfile2 > $saiFile.sam 2>$saiFile.log 
done

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2013-03-16 22:41:24

为什么不产生第二文件名，例如以.gz取代.SAM

for myfile1 in *.sam ; do 
    myfile2="${myfile1%.sam}.gz" 
    [ -e "$myfile2" ] || continue 
    ./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta "$myfile1" "$myfile2" > "$saiFile".sam 2>"$saiFile".log 
done

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2013-03-16 22:43:33

看起来不错。只有改进的建议是使用更严格的PE myfile2 =“$ {myfile1％.sam} .gz”'。 – 2013-03-16 22:47:43

@JoshCartwright谢谢，我更新了帖子 – 2013-03-16 22:50:04

哦，我没有看到你已经从'。/ bwa'行的引号中删除了$ myfile1参数扩展。你为什么要这么做？如果文件名有空格，这将会由于分词而中断。 – 2013-03-16 22:52:25

使用的文件扩展名的一个改变你for环和计算其他文件名。例如：

for p in a b c; do touch $p.1 $p.2; done 
for f in *.1; do g=${f%%.}.2; echo $f $g; done

这将显示：

a.1 a.2 
b.1 b.2 
c.1 c.2

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2013-03-16 22:49:14

bash脚本按顺序执行程序

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