什么是“ - ;”意味着在bash声明的结尾？

bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -;

是什么目的 “ - ”;角色在最后？他们在做什么？他们为什么需要？

2012-04-26 E.Cross

如果它是一个表情，然后他们忘了，包括笑脸。（ - ; – phatfingers 2012-04-26 20:26:02

分号结束命令（以结束管道，我相信在技术上是正确的说法）。如果你愿意，你可以使用另一个命令，如

bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -; echo Here is another command.

否则，分号是无害的，但可能不必要。

关于分号前面的-连字符，对于samtools和其他许多命令，它意味着使用标准输入代替输入文件（或者在某些情况下，使用标准输出代替输出文件）。这是典型的Linux/Unix用法。

（感谢@phatfingers用于验证samtools命令的用法。）

2012-04-26 17:09:20 thb

啊，我现在对它的理解是“这是管道的东西”，如果有道理的话！很酷，谢谢！ – 2012-04-26 17:55:47

http://linux.die.net/man/1/samtools的手册页证实您的声明在标题为“描述”的部分 – phatfingers 2012-04-26 20:28:47

分号并不意味着结束“管道”，它意味着命令或语句的结束，或者是分隔符，即“for ls'中的x;执行echo $ x; done“可以被认为是一个管道，但有两个分号，双分号用于大小写分隔符 – 2012-04-27 01:53:15

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