在R Markdown中调试代码

我一直在玩R Markdown，我真的很喜欢它，因为在每次分析之后，我都需要编写一个详细说明结果的（Word）报告。使用R Markdown时，代码和报告是相同的文档，所以很容易记住，我选择在代码中的某个点执行分析B，因为之前的分析A的结果。在R Markdown中调试代码

但是，我无法在R Studio中设置R Markdown中的断点，这严重限制了执行高效调试的可能性。这意味着最终我只能使用Markdown进行非常简单的分析，其中R代码非常简单，无论是我不需要调试，或者我都可以手动进行调试。这是可以预料的，也就是众所周知，R Markdown只能用于简单的分析？或者有解决方案吗？

来源

2017-03-15 DeltaIV

我不明白downvote的原因。问题很明显：我无法在R Markdown中设置断点（或者至少我无法）使用R Studio。那么如何在R Markdown中调试复杂的代码呢？ – DeltaIV

您可以在代码中使用browser()来设置断点。请参阅https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/205612627-Debugging-with-RStudio#debugging-in-r-markdown-documents

我发现将自定义函数写入.R和source()它在Markdown中会更有用。然后，你获得两全其美的好处。

来源

2017-03-15 19:22:56

在R Markdown中，我通常有很多块。你是否打算为每个块写一个自定义函数？如果一个函数的结果依赖于另一个块中的函数，那么调试似乎会变得复杂。 – DeltaIV

不，我通常在几个.R文件中编写所有我正在使用的函数（例如，一个用于在许多分析中重复使用的常用自定义函数，另一个用于我为此特定分析编写的自定义函数），将文件第一个块，并在随后的块中使用这些功能。 –

太棒了！谢谢：） – DeltaIV

在R Markdown中调试代码

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