阅读文本文件，并将其转换为字符对象

Question

我读这样的一个文本文件中的R 2.10.0

248585_at 250887_at 245638_s_at AFFX-BioC-5_at 
248585_at 250887_at 264488_s_at 245638_s_at AFFX-BioC-5_at AFFX-BioC-3_at AFFX-BioDn-5_at 
248585_at 250887_at 

使用命令 集群< -read.delim（“测试” 9月=“\ t”的，填充= TRUE，标题= FALSE）

现在，我必须传递到每行中的该文件的Bioconductor的函数，它仅字符向量作为输入。 我的问题是，使用“as.character”这个“集群”对象上的一切都变成数字字符串。

> clusters[1,] 
     V1  V2   V3    V4 V5 V6 V7 
1 248585_at 250887_at 245638_s_at AFFX-BioC-5_at   

但

> as.character(clusters[1,]) 
[1] "1" "1" "2" "3" "1" "1" "1" 

有什么办法保持原来的名字，并把它们变成一个字符向量？

也许它可以帮助：通过“read.delim”文件给我的“集群”对象属于“列表”类型。

非常感谢:-)

费德里科

Answer 1

默认字符列转换为因素。您可以通过设置as.is=TRUE说法避免这种情况：

clusters <- read.delim("test", sep="\t", fill=TRUE, header=FALSE, as.is=TRUE) 

如果你只通过从文本文件参数，你可以做类似的特征向量：

x <- readLines("test") 
xx <- strsplit(x,split="\t") 
xx[[1]] # xx is a list 
# [1] "248585_at"  "250887_at"  "245638_s_at" "AFFX-BioC-5_at" 

Answer 2

我决不会料到这样的事情发生，但在尝试小试的情况下产生的，你给了相同的结果。

由于df[1,]结果本身就是一个data.frame，一个修复我想尝试是使用unlist - 似乎工作：

> df <- data.frame(a=LETTERS[1:10], b=LETTERS[11:20], c=LETTERS[5:14]) 
> df[1,] 
    a b c 
1 A K E 
> as.character(df[1,]) 
[1] "1" "1" "1" 
> as.character(unlist(df[2,])) 
[1] "B" "L" "F" 

我想打开data.frame成matrix第一也将得到解决这样的：

m <- as.matrix(df) 
> as.character(m[2,]) 
[1] "B" "L" "F" 

为了避免问题与您data.frame你可能要因素设定stringsAsFactors=TRUE从文本文件，例如，在数据读取时：

clusters <- read.delim("test", sep="\t", fill=TRUE, header=FALSE, 
         stringsAsFactors=FALSE) 

，毕竟是，意外的行为似乎来自在你data.frame原AFFY探头作为因子处理的事实。所以，在做stringsAsFactors=FALSE东西会侧步大张旗鼓：

df <- data.frame(a=LETTERS[1:10], b=LETTERS[11:20], 
       c=LETTERS[5:14], stringsAsFactors=FALSE) 
> as.character(df[1,]) 
[1] "A" "K" "E"