为什么外部可执行文件没有从终端命令行手动输入时不能运行？

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我目前正在编写一个Python脚本，将一些RNA序列（字符串）管道化为一个UNIX可执行文件，在处理它们之后，它会将输出发送回我的Python脚本以供进一步处理。我正在做这个与子进程模块。为什么外部可执行文件没有从终端命令行手动输入时不能运行？

但是，为了使可执行文件运行，它还必须提供一些额外的参数。使用subprocess.call方法，我一直在试图运行：

import subprocess 

seq= "acgtgagtag" 
output= subprocess.Popen(["./DNAanalyzer", seq])

尽管有我的环境变量设置正确，运行可执行文件，而不从终端的命令行的问题，和子模块正常工作（例如， subprocess.Popen（[“LS”]）的作品就好了），Unix的可执行文件打印出相同的输出：

Failed to open input file acgtgagtag.in 
Requesting input manually.

有这个包了几个其他的Unix可执行文件，并且所有的行为相同的方式。我甚至尝试创建一个包含序列的简单文本文件，并将其指定为Python脚本以及命令行中的输入，但可执行文件只需要手动输入。

我已经浏览了软件包的手册，但没有提到为什么可执行文件只能通过命令行运行。因为我对这个模块（和一般的Python）的经验有限，任何人都可以指出这个问题的最佳方法是什么？

来源

2016-11-25 Bob McBobson

难道是程序，你对当前的工作目录有不同的想法吗？为了测试这个假设，为'seq =“/ some/dir/acgtgagtag”'使用绝对文件名。并且请注意，在错误消息中，该文件具有“.in”后缀...不在seq中。 – Jens

终端上的'./DNAanalyzer acgtgagtag'是否给出同样的错误？这与运行'.DNAanalyzer'然后输入'acgtgagtag'不同。这听起来像程序期望一个文件名，而你给它一个字符串。 –

@thatotherguy ./DNAanalyzer不会给出与终端相同的错误，因为它会自动提供允许手动输入输入的选项。在任何情况下，可执行文件的手册都说明文件必须在命令行为一个字符串。 –

Popen()实际上是一个对象的构造函数 - 该对象是直接运行可执行文件的“子外壳”。但是因为我没有设置标准输入或输出（stdin和stdout），所以它们默认为None，这意味着进程的I/O都关闭。

我应该做的是通过subprocess.PIPE来表示我想在我的程序和进程之间输入输出的对象Popen。

此外，脚本（在主shell中）的环境变量与子shell的环境变量不同，并且这些特定的可执行文件需要某些环境变量才能运行（在这种情况下，它是包中参数文件的路径）。这是在以下方式进行：

import subprocess as sb 

seq= "acgtgagtag" 
my_env= {BIOPACKAGEPATH: "/Users/Bobmcbobson/Documents/Biopackage/"} 

p= sb.Popen(['biopackage/bin/DNAanalyzer'], stdin=sb.PIPE, stdout=sb.PIPE, env=my_env) 
strb = (seq + '\n').encode('utf-8') 
data = p.communicate(input=strb)

创建Popen对象后，我们把它用communicate()格式化的输入字符串。现在可以读取输出，并在脚本中以任何方式进一步处理。

来源

2016-12-07 23:29:12

为什么外部可执行文件没有从终端命令行手动输入时不能运行？

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