ggplot2：与facet_grid一起使用geom_dotplot时没有自由轴缩放

Question

我一直在尝试使用facet_grid生成一系列点图。这样做，我注意到geom_dotplot似乎没有响应facet_grid的scales =“free_y”参数。

下面是一些示例代码：

require(ggplot2) 

#Example data 
set.seed(3) 
df = data.frame(Gene = rep(c("a", "b", "c", "d"), each=20), 
       ToD = rep(c("Morning", "Evening"), times = 40), 
       Expression = c(runif(20, min=0, max=10), 
           runif(20, min=0, max=1), 
           runif(20, min=0, max=1000), 
           runif(20, min=0, max=100))) 

#Box plots of example data 
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) + 
    geom_boxplot() + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

#Dot plots of example data 
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

这里是我目前使用的R和GGPLOT2的版本：

• [R版本3.2.2（2015年8月14日）
• ggplot2_1.0.1.9003

所以，当我产生箱线图，一切正常与y轴预期适当地缩放每个面行：

然而，点图维持方方面面行相同的Y轴标：

我读过有关已知的bug在ggplot2中，当指定自由标度时，coord_flip和facet_grid不能一起工作。这与这个问题有关吗？

虽然我可以分别生成每个图，然后将它们与grid.arrange结合起来，但这对我的目的来说很麻烦。我试图将这些点图与其他分面图重合，并且我想避免需要使用grid.arrange重新生成所有这些图。有什么想法吗？

感谢您提供的任何帮助，请让我知道，如果我可以提供任何进一步的澄清。

Answer 1

我一直在阅读文档?geom_dotplot。显然，组合选项可以设置为“全部”（所有数据一起使用）或“按组”。默认。因此，使用基因既作为基团和作为小面，binpositions可以改变，并且至少所述自由y轴返回：

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=Gene)) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

但现在在x轴的分组消失了。有可能是一个更好的解决方案，而是由基因和TOD之间的相互作用分组似乎解决它：

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=interaction(Gene,ToD))) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")