2014-10-17 327 views
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我已经就此问题检查了其他问题,但由于问题似乎非常具体,他们没有帮助。lm.fit(x,y,offset = offset,singular.ok = singular.ok,...)中的错误0非na案例

我有这样一个数据帧(这只是一个简单的例子,从dput的示例数据()提供如下):

year species abundance site county 
2005 A  2   SH1 Göttingen 
2006 A  0   SH1 Göttingen 
2007 A  NA  SH1 Göttingen 
2008 A  2   SH1 Göttingen 
2009 A  NA  SH1 Göttingen 
2010 A  2   SH1 Göttingen 
2011 A  NA  SH1 Göttingen 
2005 B  2   SH1 Göttingen 
2006 B  0   SH1 Göttingen 
2007 B  NA  SH1 Göttingen 
2008 B  2   SH1 Göttingen 
2009 B  NA  SH1 Göttingen 
2010 B  2   SH1 Göttingen 
2011 B  NA  SH1 Göttingen 
2005 A  2   SH1 Göttingen 
2006 A  0   SH1 Göttingen 
2007 A  NA  SH1 Göttingen 
2008 A  2   SH1 Göttingen 
2009 A  NA  SH1 Göttingen 
2010 A  2   SH1 Göttingen 
2011 A  NA  SH1 Göttingen 
2005 A  2   SH2 Göttingen 
2006 A  0   SH2 Göttingen 
2007 A  NA  SH2 Göttingen 
2008 A  2   SH2 Göttingen 
2009 A  NA  SH2 Göttingen 
2010 A  2   SH2 Göttingen 
2011 A  NA  SH2 Göttingen 

它包含了丰富的11种,每县多个不同的网站( 2005年至2011年每年在超过400个县的1500多个地点)。对于每个地点,在每个县,每年,所有物种都被计入,因此每年有一个NA或一个数量丰富的数字。网站数量因县而异。

我想运行下面的循环来将丰度分成几列:它应该创建一个线性模型来计算这些年的总体趋势,并将输出结果放在另一行。最后,我想对每一个物种在每个站点多年来趋势:

alldata_lm$slope_abundance_plot <- NA 
alldata_lm$p_slope_abundance_plot <- NA 

species <- unique(alldata_lm$species) 
sites <- unique(alldata_lm$site) 

for (i in (1:length(species))) { 
    for (k in(1:length(sites))) {   
    print(c(i,k)) 
    lm1 <- lm(abundance ~ year, data = alldata_lm[alldata_lm$species == species[i] & alldata_lm$site == sites[k],], na.action=na.omit) 
    alldata_lm$slope_abundance_plot[alldata_lm$species == species[i] & alldata_lm$site == sites[k]] <- coefficients(lm1)[2] 
    if (nrow(coef(summary(lm1)))>1){ alldata_lm$p_slope_abundance_plot[alldata_lm$species == species[i] & alldata_lm$site == sites[k]] <- coef(summary(lm1))[2,4]} 
    } 
} 

然而,当我这样做,它返回以下错误:

Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
    alle Fälle NA 

同一回路作品完美地与一个非常相似的数据帧,唯一的区别是当前数据帧包含更多的NA。

在运行循环之前删除NA并没有帮助。无论是否有丰富栏中有任何NA,我都会收到错误消息。我认为这个错误可能发生在别的地方。年份列不会包含任何缺少的值。

我非常感谢任何帮助!由于

实例数据

structure(list(site = structure(c(700L, 700L, 700L, 700L, 700L, 
700L, 700L), .Label = c("bb1", "bb100", "bb101", "bb104", "bb107", 
"bb108", "bb109", "bb11", "bb111", "bb113", "bb115", "bb116", 
"bb117", "bb118", "bb119", "bb120", "bb121", "bb122", "bb123", 
"bb124", "bb125", "bb126", "bb127", "bb129", "bb130", "bb131", 
"bb132", "bb134", "bb135", "bb138", "bb139", "bb14", "bb140", 
"bb143", "bb147", "bb15", "bb150", "bb152", "bb154", "bb155", 
"bb156", "bb157", "bb158", "bb159", "bb163", "bb164", "bb166", 
"bb167", "bb169", "bb170", "bb171", "bb172", "bb173", "bb174", 
"bb175", "bb176", "bb177", "bb178", "bb179", "bb180", "bb181", 
"bb183", "bb186", "bb187", "bb188", "bb19", "bb191", "bb192", 
"bb193", "bb194", "bb197", "bb198", "bb199", "bb20", "bb200", 
"bb201", "bb202", "bb203", "bb204", "bb205", "bb207", "bb208", 
"bb209", "bb21", "bb210", "bb211", "bb212", "bb213", "bb215", 
"bb216", "bb217", "bb218", "bb219", "bb220", "bb221", "bb224", 
"bb225", "bb228", "bb23", "bb230", "bb232", "bb234", "bb237", 
"bb239", "bb242", "bb27", "bb32", "bb35", "bb37", "bb38", "bb39", 
"bb4", "bb40", "bb41", "bb47", "bb49", "bb53", "bb55", "bb58", 
"bb59", "bb6", "bb60", "bb63", "bb65", "bb66", "bb7", "bb70", 
"bb72", "bb73", "bb76", "bb77", "bb79", "bb8", "bb80", "bb81", 
"bb82", "bb84", "bb85", "bb87", "bb89", "bb9", "bb90", "bb91", 
"bb92", "bb93", "bb94", "bb96", "bb97", "bb98", "be14", "be15", 
"be17", "be30", "bw10", "bw100", "bw104", "bw108", "bw111", "bw112", 
"bw12", "bw120", "bw124", "bw126", "bw13", "bw144", "bw146", 
"bw175", "bw183", "bw192", "bw193", "bw198", "bw199", "bw200", 
"bw202", "bw208", "bw210", "bw211", "bw213", "bw215", "bw219", 
"bw225", "bw226", "bw229", "bw236", "bw243", "bw257", "bw262", 
"bw266", "bw268", "bw283", "bw294", "bw3", "bw30", "bw307", "bw326", 
"bw327", "bw338", "bw339", "bw341", "bw35", "bw36", "bw360", 
"bw368", "bw380", "bw381", "bw397", "bw405", "bw42", "bw53", 
"bw58", "bw6", "bw7", "bw84", "bw89", "bw91", "bw92", "bw96", 
"bw97", "by10", "by103", "by109", "by11", "by110", "by111", "by112", 
"by113", "by114", "by115", "by116", "by117", "by118", "by120", 
"by122", "by125", "by126", "by127", "by128", "by129", "by130", 
"by134", "by137", "by14", "by142", "by144", "by146", "by147", 
"by150", "by151", "by152", "by153", "by154", "by155", "by156", 
"by157", "by158", "by159", "by163", "by164", "by166", "by167", 
"by169", "by170", "by171", "by173", "by175", "by176", "by177", 
"by178", "by18", "by180", "by182", "by186", "by187", "by188", 
"by19", "by192", "by193", "by194", "by197", "by200", "by203", 
"by205", "by210", "by212", "by215", "by22", "by222", "by223", 
"by225", "by226", "by229", "by230", "by231", "by233", "by234", 
"by236", "by238", "by239", "by24", "by240", "by241", "by242", 
"by243", "by247", "by248", "by25", "by250", "by251", "by255", 
"by257", "by267", "by268", "by271", "by272", "by274", "by275", 
"by278", "by279", "by28", "by280", "by283", "by284", "by285", 
"by286", "by287", "by289", "by29", "by290", "by291", "by292", 
"by293", "by294", "by295", "by298", "by30", "by303", "by305", 
"by307", "by308", "by310", "by32", "by321", "by322", "by323", 
"by324", "by326", "by331", "by333", "by334", "by337", "by34", 
"by341", "by346", "by347", "by350", "by352", "by356", "by357", 
"by36", "by368", "by37", "by370", "by376", "by378", "by39", "by4", 
"by40", "by41", "by43", "by451", "by452", "by47", "by5", "by52", 
"by53", "by56", "by63", "by64", "by65", "by66", "by67", "by68", 
"by69", "by7", "by72", "by74", "by76", "by79", "by8", "by80", 
"by87", "by88", "by89", "by90", "by91", "by92", "by96", "by97", 
"by98", "hb16", "hb17", "hb18", "hb21", "hb30", "hb5", "hb6", 
"hb7", "hb9", "he100", "he103", "he106", "he107", "he108", "he109", 
"he110", "he111", "he113", "he114", "he115", "he116", "he119", 
"he120", "he122", "he124", "he13", "he130", "he137", "he14", 
"he144", "he145", "he150", "he154", "he18", "he37", "he42", "he46", 
"he47", "he51", "he52", "he66", "he68", "he7", "he70", "he72", 
"he73", "he75", "he82", "he83", "he84", "he85", "he89", "he9", 
"he91", "he93", "he94", "he96", "he97", "hh10", "hh28", "hh29", 
"hh30", "hh41", "hh44", "mv108", "mv109", "mv110", "mv122", "mv124", 
"mv125", "mv126", "mv141", "mv143", "mv15", "mv153", "mv156", 
"mv160", "mv17", "mv24", "mv29", "mv40", "mv41", "mv50", "mv55", 
"mv61", "mv63", "mv76", "mv82", "ni10", "ni100", "ni101", "ni102", 
"ni11", "ni110", "ni111", "ni119", "ni122", "ni125", "ni126", 
"ni13", "ni131", "ni134", "ni135", "ni136", "ni138", "ni14", 
"ni142", "ni146", "ni147", "ni149", "ni15", "ni150", "ni152", 
"ni162", "ni163", "ni166", "ni167", "ni168", "ni169", "ni170", 
"ni171", "ni172", "ni175", "ni182", "ni187", "ni188", "ni189", 
"ni191", "ni192", "ni193", "ni198", "ni2", "ni20", "ni206", "ni215", 
"ni218", "ni225", "ni226", "ni227", "ni231", "ni236", "ni239", 
"ni240", "ni241", "ni242", "ni243", "ni244", "ni246", "ni252", 
"ni257", "ni26", "ni260", "ni263", "ni272", "ni274", "ni282", 
"ni286", "ni290", "ni291", "ni297", "ni298", "ni299", "ni3", 
"ni303", "ni32", "ni34", "ni37", "ni38", "ni39", "ni4", "ni40", 
"ni41", "ni43", "ni45", "ni453", "ni455", "ni46", "ni47", "ni49", 
"ni50", "ni52", "ni55", "ni6", "ni61", "ni63", "ni66", "ni68", 
"ni71", "ni72", "ni73", "ni76", "ni77", "ni85", "ni87", "ni88", 
"ni89", "ni90", "ni91", "ni92", "ni93", "ni95", "ni97", "nw10", 
"nw108", "nw110", "nw112", "nw126", "nw13", "nw130", "nw140", 
"nw142", "nw143", "nw149", "nw154", "nw156", "nw173", "nw182", 
"nw20", "nw25", "nw38", "nw41", "nw5", "nw50", "nw52", "nw53", 
"nw54", "nw55", "nw6", "nw60", "nw63", "nw7", "nw72", "nw73", 
"nw74", "nw84", "nw86", "nw92", "rp101", "rp102", "rp103", "rp106", 
"rp108", "rp109", "rp116", "rp117", "rp120", "rp130", "rp131", 
"rp139", "rp140", "rp143", "rp144", "rp146", "rp21", "rp22", 
"rp23", "rp24", "rp36", "rp4", "rp84", "rp94", "rp99", "sh100", 
"sh101", "sh102", "sh103", "sh106", "sh109", "sh11", "sh111", 
"sh112", "sh117", "sh12", "sh121", "sh123", "sh125", "sh128", 
"sh130", "sh132", "sh14", "sh140", "sh17", "sh18", "sh19", "sh20", 
"sh25", "sh26", "sh27", "sh30", "sh33", "sh34", "sh35", "sh36", 
"sh37", "sh39", "sh42", "sh43", "sh44", "sh45", "sh46", "sh47", 
"sh51", "sh52", "sh54", "sh55", "sh58", "sh59", "sh60", "sh61", 
"sh62", "sh63", "sh65", "sh66", "sh67", "sh69", "sh70", "sh71", 
"sh72", "sh73", "sh74", "sh75", "sh76", "sh78", "sh79", "sh8", 
"sh84", "sh86", "sh88", "sh89", "sh91", "sh93", "sh95", "sh96", 
"sh98", "sh99", "sn104", "sn112", "sn117", "sn120", "sn123", 
"sn131", "sn141", "sn144", "sn145", "sn15", "sn151", "sn158", 
"sn159", "sn16", "sn162", "sn164", "sn165", "sn167", "sn18", 
"sn25", "sn27", "sn28", "sn30", "sn35", "sn40", "sn44", "sn45", 
"sn5", "sn56", "sn69", "sn7", "sn72", "sn74", "sn79", "sn83", 
"sn87", "sn89", "sn9", "sn91", "sn92", "sn93", "sn99", "st1", 
"st100", "st101", "st103", "st105", "st107", "st108", "st109", 
"st11", "st110", "st111", "st112", "st113", "st114", "st115", 
"st116", "st118", "st119", "st120", "st121", "st125", "st126", 
"st127", "st13", "st130", "st134", "st135", "st137", "st139", 
"st140", "st141", "st143", "st144", "st145", "st146", "st147", 
"st148", "st150", "st151", "st153", "st158", "st159", "st160", 
"st162", "st166", "st21", "st24", "st25", "st26", "st27", "st28", 
"st30", "st33", "st34", "st4", "st43", "st47", "st49", "st50", 
"st55", "st56", "st57", "st59", "st60", "st61", "st64", "st69", 
"st70", "st72", "st75", "st77", "st79", "st84", "st87", "st88", 
"st91", "st92", "st97", "st98", "st99", "th100", "th103", "th104", 
"th105", "th112", "th118", "th121", "th123", "th15", "th16", 
"th18", "th19", "th20", "th22", "th26", "th27", "th31", "th32", 
"th36", "th39", "th4", "th40", "th44", "th45", "th49", "th50", 
"th51", "th52", "th55", "th56", "th58", "th59", "th60", "th61", 
"th63", "th64", "th73", "th76", "th8", "th81", "th83", "th85", 
"th91", "th94", "th95", "th96", "th98", "th99"), class = "factor"), 
    year = 2005:2011, species = structure(c(8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 
    8L, 8L), .Label = c("common linnet", "common whitethroat", 
    "corn bunting", "eurasian skylark", "northern lapwing", "red-backed shrike", 
    "tree sparrow", "western yellow wagtail", "whinchat", "woodlark", 
    "yellowhammer"), class = "factor"), abundance = c(NA_integer_, 
    NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, 
    NA_integer_), county = structure(c(48L, 48L, 48L, 48L, 48L, 
    48L, 48L), .Label = c("Aichach-Friedberg, Landkreis", "Alb-Donau-Kreis", 
    "Altmarkkreis Salzwedel", "Alzey-Worms, Landkreis", "Amberg-Sulzbach, Landkreis", 
    "Ammerland, Landkreis", "Anhalt-Bitterfeld, Landkreis", "Ansbach, Landkreis", 
    "Aschaffenburg, Landkreis", "Augsburg, Landkreis", "Aurich, Landkreis", 
    "Böblingen, Landkreis", "Börde, Landkreis", "Bad Dürkheim, Landkreis", 
    "Bad Kissingen, Landkreis", "Bad Kreuznach, Landkreis", "Bad Tölz-Wolfratshausen, Landkreis", 
    "Barnim, Landkreis", "Bautzen, Landkreis", "Bayreuth", "Bayreuth, Landkreis", 
    "Bergstraße, Landkreis", "Berlin", "Biberach, Landkreis", 
    "Bodenseekreis", "Borken, Kreis", "Brandenburg an der Havel, Kreisfreie Stadt", 
    "Breisgau-Hochschwarzwald, Landkreis", "Bremen, Kreisfreie Stadt", 
    "Bremerhaven, Kreisfreie Stadt", "Burgenlandkreis", "Calw, Landkreis", 
    "Celle, Landkreis", "Cham, Landkreis", "Chemnitz, Stadt", 
    "Cloppenburg, Landkreis", "Coburg, Landkreis", "Cottbus, Kreisfreie Stadt", 
    "Cuxhaven, Landkreis", "Dachau, Landkreis", "Dahme-Spreewald, Landkreis", 
    "Darmstadt-Dieburg, Landkreis", "Deggendorf, Landkreis", 
    "Dessau-Roßlau, Kreisfreie Stadt", "Diepholz, Landkreis", 
    "Dillingen a.d.Donau, Landkreis", "Dingolfing-Landau, Landkreis", 
    "Dithmarschen, Landkreis", "Donau-Ries, Landkreis", "Donnersbergkreis", 
    "Dresden, Stadt", "Ebersberg, Landkreis", "Eichsfeld, Kreis", 
    "Eichstätt, Landkreis", "Eisenach, krsfr. Stadt", "Elbe-Elster, Landkreis", 
    "Emmendingen, Landkreis", "Emsland, Landkreis", "Ennepe-Ruhr-Kreis", 
    "Enzkreis", "Erding, Landkreis", "Erfurt, krsfr. Stadt", 
    "Erlangen-Höchstadt, Landkreis", "Erzgebirgskreis", "Esslingen, Landkreis", 
    "Fürstenfeldbruck, Landkreis", "Fürth, Landkreis", "Forchheim, Landkreis", 
    "Frankfurt (Oder), Kreisfreie Stadt", "Frankfurt am Main, Kreisfreie Stadt", 
    "Freising, Landkreis", "Freudenstadt, Landkreis", "Freyung-Grafenau, Landkreis", 
    "Friesland, Landkreis", "Fulda, Landkreis", "Göppingen, Landkreis", 
    "Görlitz, Landkreis", "Göttingen, Landkreis", "Garmisch-Partenkirchen, Landkreis", 
    "Gießen, Landkreis", "Gifhorn, Landkreis", "Goslar, Landkreis", 
    "Gotha, Kreis", "Grafschaft Bentheim, Landkreis", "Greiz, Kreis", 
    "Höxter, Kreis", "Haßberge, Landkreis", "Halle (Saale), Kreisfreie Stadt", 
    "Hamburg", "Hameln-Pyrmont, Landkreis", "Hamm, Kreisfreie Stadt", 
    "Harburg, Landkreis", "Harz, Landkreis", "Havelland, Landkreis", 
    "Heidekreis, Landkreis", "Heidelberg, Kreisfreie Stadt", 
    "Heidenheim, Landkreis", "Heilbronn, Landkreis", "Heinsberg, Kreis", 
    "Hersfeld-Rotenburg, Landkreis", "Herzogtum Lauenburg, Landkreis", 
    "Hildburghausen, Kreis", "Hildesheim, Landkreis", "Hochsauerlandkreis", 
    "Hochtaunuskreis", "Hof, Landkreis", "Holzminden, Landkreis", 
    "Ilm-Kreis", "Ingolstadt", "Jerichower Land, Landkreis", 
    "Köln, Kreisfreie Stadt", "Kaiserslautern, Landkreis", "Karlsruhe, Kreisfreie Stadt", 
    "Karlsruhe, Landkreis", "Kassel, Landkreis", "Kelheim, Landkreis", 
    "Kitzingen, Landkreis", "Kleve, Kreis", "Konstanz, Landkreis", 
    "Kronach, Landkreis", "Kulmbach, Landkreis", "Kusel, Landkreis", 
    "Kyffhäuserkreis", "Lörrach, Landkreis", "Lüchow-Dannenberg, Landkreis", 
    "Lüneburg, Landkreis", "Lahn-Dill-Kreis", "Landkreis Ludwigslust-Parchim", 
    "Landkreis Mecklenburgische Seenplatte", "Landkreis Nordwestmecklenburg", 
    "Landkreis Rostock", "Landkreis Vorpommern-Greifswald", "Landkreis Vorpommern-Rügen", 
    "Landsberg am Lech, Landkreis", "Landshut, Landkreis", "Leer, Landkreis", 
    "Leipzig, Landkreis", "Lichtenfels, Landkreis", "Limburg-Weilburg, Landkreis", 
    "Lippe, Kreis", "Ludwigsburg, Landkreis", "Märkisch-Oderland, Landkreis", 
    "Märkischer Kreis", "Mühldorf a.Inn, Landkreis", "München, Landeshauptstadt", 
    "München, Landkreis", "Main-Spessart, Landkreis", "Main-Tauber-Kreis", 
    "Main-Taunus-Kreis", "Mainz-Bingen, Landkreis", "Mannheim, Universitätsstadt, Kreisfreie Stadt", 
    "Mansfeld-Südharz, Landkreis", "Marburg-Biedenkopf, Landkreis", 
    "Mayen-Koblenz, Landkreis", "Meißen, Landkreis", "Mettmann, Kreis", 
    "Minden-Lübbecke, Kreis", "Mittelsachsen, Landkreis", "Nürnberg", 
    "Nürnberger Land, Landkreis", "Neckar-Odenwald-Kreis", "Neu-Ulm, Landkreis", 
    "Neuburg-Schrobenhausen, Landkreis", "Neumarkt i.d.OPf., Landkreis", 
    "Neustadt a.d.Aisch-Bad Windsheim, Landkreis", "Neustadt a.d.Waldnaab, Landkreis", 
    "Neustadt an der Weinstraße, Kreisfreie Stadt", "Neuwied, Landkreis", 
    "Nienburg (Weser), Landkreis", "Nordfriesland, Landkreis", 
    "Nordhausen, Kreis", "Nordsachsen, Landkreis", "Northeim, Landkreis", 
    "Oberallgäu, Landkreis", "Oberhavel, Landkreis", "Oberspreewald-Lausitz, Landkreis", 
    "Odenwaldkreis", "Oder-Spree, Landkreis", "Offenbach, Landkreis", 
    "Oldenburg, Landkreis", "Olpe, Kreis", "Ortenaukreis", "Osnabrück, Landkreis", 
    "Ostalbkreis", "Ostallgäu, Landkreis", "Osterholz, Landkreis", 
    "Osterode am Harz, Landkreis", "Ostholstein, Landkreis", 
    "Ostprignitz-Ruppin, Landkreis", "Passau, Landkreis", "Peine, Landkreis", 
    "Pfaffenhofen a.d.Ilm, Landkreis", "Pinneberg, Landkreis", 
    "Plön, Landkreis", "Potsdam-Mittelmark, Landkreis", "Potsdam, Kreisfreie Stadt", 
    "Prignitz, Landkreis", "Rastatt, Landkreis", "Ravensburg, Landkreis", 
    "Regen, Landkreis", "Regensburg, Landkreis", "Region Hannover, Landkreis", 
    "Rems-Murr-Kreis", "Rendsburg-Eckernförde, Landkreis", "Reutlingen, Landkreis", 
    "Rhön-Grabfeld, Landkreis", "Rhein-Kreis Neuss", "Rhein-Neckar-Kreis", 
    "Rhein-Sieg-Kreis", "Rheingau-Taunus-Kreis", "Rheinisch-Bergischer Kreis", 
    "Rosenheim, Landkreis", "Rotenburg (Wümme), Landkreis", 
    "Roth, Landkreis", "Rottweil, Landkreis", "Sächsische Schweiz-Osterzgebirge, Landkreis", 
    "Sömmerda, Kreis", "Südliche Weinstraße, Landkreis", "Südwestpfalz, Landkreis", 
    "Saale-Holzland-Kreis", "Saale-Orla-Kreis", "Saalekreis", 
    "Saalfeld-Rudolstadt, Kreis", "Salzlandkreis", "Schaumburg, Landkreis", 
    "Schleswig-Flensburg, Landkreis", "Schmalkalden-Meiningen, Kreis", 
    "Schwabach", "Schwandorf, Landkreis", "Schweinfurt", "Schweinfurt, Landkreis", 
    "Segeberg, Landkreis", "Siegen-Wittgenstein, Kreis", "Sigmaringen, Landkreis", 
    "Soest, Kreis", "Sonneberg, Kreis", "Spree-Neiße, Landkreis", 
    "Stade, Landkreis", "Starnberg, Landkreis", "Steinburg, Landkreis", 
    "Steinfurt, Kreis", "Stendal, Landkreis", "Stormarn, Landkreis", 
    "Straubing-Bogen, Landkreis", "Stuttgart, Landeshauptstadt, Kreisfreie Stadt", 
    "Tübingen, Landkreis", "Teltow-Fläming, Landkreis", "Traunstein, Landkreis", 
    "Uckermark, Landkreis", "Uelzen, Landkreis", "Unstrut-Hainich-Kreis", 
    "Unterallgäu, Landkreis", "Vechta, Landkreis", "Verden, Landkreis", 
    "Viersen, Kreis", "Vogelsbergkreis", "Würzburg, Landkreis", 
    "Waldeck-Frankenberg, Landkreis", "Wartburgkreis", "Weißenburg-Gunzenhausen, Landkreis", 
    "Weilheim-Schongau, Landkreis", "Weimar, krsfr. Stadt", "Weimarer Land, Kreis", 
    "Werra-Meißner-Kreis", "Wesel, Kreis", "Wesermarsch, Landkreis", 
    "Westerwaldkreis", "Wetteraukreis", "Wiesbaden, Landeshauptstadt, Kreisfreie Stadt", 
    "Wittenberg, Landkreis", "Wittmund, Landkreis", "Wolfenbüttel, Landkreis", 
    "Wuppertal, Kreisfreie Stadt", "Zollernalbkreis", "Zwickau, Landkreis" 
    ), class = "factor"), slope_abundance_plot = c(NA_real_, 
    NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_ 
    ), p_slope_abundance_plot = c(NA_real_, NA_real_, NA_real_, 
    NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_)), .Names = c("site", 
"year", "species", "abundance", "county", "slope_abundance_plot", 
"p_slope_abundance_plot"), row.names = c(61L, 75L, 76L, 91L, 
92L, 93L, 134L), class = "data.frame") 
+0

你会如何用英语翻译“全部FälleNA”? “每个案例都不适用”? – Pop 2014-10-17 10:38:29

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我的歉意,是的,这意味着0在英语非na案件。 – thecrashlandingdodo 2014-10-17 10:42:39

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从错误信息中可以看出,有一种物种/地点组合,其中所有丰度值都是“NA”。 – Roland 2014-10-17 10:42:56

回答

2

如果我打印您的子集,我看到:

site year    species abundance     county slope_abundance_plot p_slope_abundance_plot 
61 sh47 2005 western yellow wagtail  NA Dithmarschen, Landkreis     NA      NA 
75 sh47 2006 western yellow wagtail  NA Dithmarschen, Landkreis     NA      NA 
76 sh47 2007 western yellow wagtail  NA Dithmarschen, Landkreis     NA      NA 
91 sh47 2008 western yellow wagtail  NA Dithmarschen, Landkreis     NA      NA 
92 sh47 2009 western yellow wagtail  NA Dithmarschen, Landkreis     NA      NA 
93 sh47 2010 western yellow wagtail  NA Dithmarschen, Landkreis     NA      NA 
134 sh47 2011 western yellow wagtail  NA Dithmarschen, Landkreis     NA      NA 

正如你看到的,所有的丰度值是NA,这是什么错误消息告诉您。您应该使用tryCatch来处理这些子集。

(顺便说一句,在dput输出是如此之大,因为它包括了所有因子水平。)

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感谢有关输出的信息。是的,我对某些物种期待这一点,但即使我在运行循环之前在丰富度上应用complete.cases,我仍然会收到同样的错误。 – thecrashlandingdodo 2014-10-17 12:21:27

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在分配'slope_abundance_plot'之前使用'alldata_lm < - na.omit(alldata_lm)'。 – Roland 2014-10-17 12:24:31

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我试过了,它进一步向i 1L和k 3L进行,但不幸的是返回相同的错误。 – thecrashlandingdodo 2014-10-17 12:38:13