删除部分字符串使用sed

我有一个看起来像这样的数据线：删除部分字符串使用sed

sp_A0A342_ATPB_COFAR_6_+_contigs_full.fasta 
sp_A0A342_ATPB_COFAR_9_-_contigs_full.fasta 
sp_A0A373_RK16_COFAR_10_-_contigs_full.fasta 
sp_A0A373_RK16_COFAR_8_+_contigs_full.fasta 
sp_A0A4W3_SPEA_GEOSL_15_-_contigs_full.fasta

如何使用sed第4列（_分隔）每行之后删除部分字符串。最后产生：

sp_A0A342_ATPB_COFAR 
sp_A0A342_ATPB_COFAR 
sp_A0A373_RK16_COFAR 
sp_A0A373_RK16_COFAR 
sp_A0A4W3_SPEA_GEOSL

来源

2010-06-24 neversaint

cut是一个更适合。

cut -d_ -f 1-4 old_file

这仅仅意味着使用_作为分隔符，并保留字段1-4。

如果你坚持sed：

sed 's/\(_[^_]*\)\{4\}$//'

这左手边匹配一组恰好四个重复，组成一个下划线后跟0或多个非下划线的。在那之后，我们必须处于最后。这全部被没有取代。

来源

2010-06-24 02:14:59

sed -e 's/_[0-9][0-9]*_[+-]_contigs_full.fasta$//g'

尽管如此，缩减的答案可能更快，通常会更好。

来源

2010-06-24 02:17:22 Slartibartfast

是的，剪切方式更好，并且匹配每个背面都比较容易。

我终于得到了使用每一行的开头匹配：

sed -r 's/(([^_]*_){3}([^_]*)).*/\1/' oldFile > newFile

来源

2010-06-24 02:19:49

sed -e 's/\([^_]*\)_\([^_]*\)_\([^_]*\)_\([^_]*\)_.*/\1_\2_\3_\4' infile > outfile

匹配“任意数量的不是‘_’”，节约了什么\（和\）之间的匹配，其次是'_'。做4次，然后匹配其余部分的任何内容（被忽略）。用'_'分隔的每个匹配代替。

来源

2010-06-24 02:23:59

这里的另一种可能性：

sed -E -e 's|^([^_]+(_[^_]+){3}).*$|\1|'

其中-E，像GNU -r战略经济对话开启的可读性扩展正则表达式。

只因为你可以在sed中做它，但并不意味着你应该。我喜欢为此更好地剪切。

来源

2010-06-24 02:32:19

AWK喜欢的领域发挥：

awk 'BEGIN{FS=OFS="_"}{print $1,$2,$3,$4}' inputfile

，或者更一般地说：

awk -v count=4 'BEGIN{FS="_"}{for(i=1;i<=count;i++){printf "%s%s",sep,$i;sep=FS};printf "\n"}'

来源

2010-06-24 03:31:19

删除部分字符串使用sed

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