R控制台与R脚本环境的区别;错误与installed.packages（）

我是R新手，我已经花了一段时间在Web上的脚本示例，我碰到一个脚本，有一堆require(<package>)行。而不是写install.packages(<package>)，我修改剧本这样：R控制台与R脚本环境的区别;错误与installed.packages（）

package_names <- c('caret', 
       'readr', 
       'xgboost', 
       'ggplot2', 
       'R.utils', 
       'gridExtra', 
       'lubridate', 
       'data.table', 
       'Matrix', 
       'plyr', 
       'Hmisc', 
       'maps', 
       'maptools', 
       'sp', 
       'corrplot') 
for (package_name in package_names){ 
    if (!package_name %in% rownames(installed.packages())) 
     install.packages(package_name) 

    eval(parse(text=sprintf("require(%s)",package_name))) 
}

因此，它会试图安装的软件包，如果没有安装它，需要它。但是在执行此为脚本，导致下面的误差R演播室：

Error in contrib.url(repos, "source") : 
    trying to use CRAN without setting a mirror 
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> install.packages -> contrib.url

我不显式调用contrib.url所以我真的不知道从哪里开始。

但是我试着复制粘贴这些确切的行，并在命令行R Studio解释器会话（repl）中运行它们，然后运行并完美地安装/更新所有这些软件包。

这引出了一个问题：命令行会话和导致此错误的脚本有什么区别？

来源

2015-09-06 user27886

你是如何运行脚本的？ –

我相信** pacman **包的'p_load'函数会为您处理所有这些，包括cran回购集。它会使代码更加简洁和可读。 –

顺便说一下，通过使用'install.packages（setdiff（package_names，rownames（installed.packages（））））'而不是循环，可以将代码制作成两行更具惯用的R代码。要用变量调用'require'（更好：'library' - 不需要'require'！），使用'require（var，character.only = TRUE）'。你可以使用'invisible（Map（library，package_names，character.only = TRUE））'一次完成所有的包。两个陈述。 –

设置CRAN镜脚本，由getCRANmirror()返回的选项，例如当中，

chooseCRANmirror(ind=1)

正如@KonradRudolph建议，更习惯的方法可能是安装任何遗漏的需求，然后require()所有包。

chooseCRANmirror(ind=1) 
needed = package_names[!package_names %in% rownames(installed.packages())] 
install.packages(needed) 
ok = sapply(package_names, require, character.only=TRUE) 
if (!all(ok)) { 
    bad = paste(package_names[!ok], collapse=", ") 
    stop("failed to 'require' packages: ", bad) 
}

来源

2015-09-06 23:00:39

R控制台与R脚本环境的区别;错误与installed.packages（）

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