bash的错误排序“排序：写失败：标准输出：残破的管道”

当我运行此脚本，我收到一条错误消息：“排序：写失败：标准输出：残破的管道”bash的错误排序“排序：写失败：标准输出：残破的管道”

如果有人能帮助我这将是真棒，我疯了这个错误

输入文件是所有包含FASTA格式的DNA序列的文件列表，所以每个文件有几个序列（每个序列在一行中）格式为： 1美元（标识符）中$ 2,3,4,5,6,7 & 8（更多值）9美元（DNA序列）

然后我想通过每个文件中的序列数（$ common_hits）选择每个序列（这个数字不是固定值，但是我为此例子设置了6） - 必须删除所有少于6个序列的文件 - 具有6个序列的文件是可用的 - 具有多于6个序列的文件必须被减少到6个序列（这些序列通过字段$ 5的较高值来选择）

输出文件必须具有全部6个序列，序列号（字段$ 9）必须位于标识符后面的行中

我现在不会删除原始文件的序列数超过6个，因为我想确保它能正常工作

par_list=`ls -1 *BR` 

common_hits="6" 

for i in ${par_list} 

do 

    if [ "`cat ${i} | wc -l`" -lt "${common_hits}" ] 
    then 
     rm -f ${i} 
    elif [ "`cat ${i} | wc -l`" -gt "${common_hits}" ] 
    then 
     cat ${i} | sort -nr -k 5 | head -n ${common_hits} | \ 
     awk '{print $1" " $2" " $3" " $4" " $5" " $6" " $7"   "$8 ; print $9}' > ${i}.ph 
    fi 

done

来源

2017-09-13 Dani

欢迎堆栈溢出的网站，请包你的代码（S）为代码的标签，每论坛规则和更清楚地说明问题，这样我们就可以尽量帮你，谢谢。 – RavinderSingh13

我可以看到我们可以做出很多改变成你的脚本，你可以请张贴2两件事，第1你有什么要求（样本INPUT_FILE和预期的output_file），如果你只想使用相同的脚本，则使用se t -x在你的脚本开始并向我们显示输出，但是你还是要让我们知道你的需求（什么是Input_file和代码标签中的output_file）。 – RavinderSingh13

感谢您的建议，我希望现在可以更容易理解 – Dani

sort | head总是报告错误，如果head退出（或以其他方式关闭其标准输入）sort之前已写入它的所有输出（这将在的情况下，如果由sort写入的流比消耗更长的时间通过head）。这是通过设计：如果sort不能写出所有的输出，则预计会失败;如果忽视此类故障，它也将忽略它不能写它的其他原因输出（磁盘已满，网络连接中断等情况下

没有什么不寻常或不希望这件事。如果你不在乎有关错误，忽略它，并从管道检查输出的行数，以确定是否有错误情况相反。

来源

2017-09-13 17:06:58

非常感谢，所以即使排序时出现错误，它也不会影响我的输出吗？ – Dani

正确 - “错误”只是'排序'不能写'$ common_hits'行以上。 –

换句话说，“破管”错误通常是无害的，可以忽略，或者，如果幸运的话，甚至会被压制。 –

bash的错误排序“排序：写失败：标准输出：残破的管道”

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