绘制带有seaborn条纹的色调的宽矩阵

Question

我想绘制使用条纹图的数据集。这里是头（有25列）：

Labels Acidobacteria Actinobacteria Armatimonadetes Bacteroidetes 
0  0    0    495    NaN   27859 
1  1    0   1256    NaN   46582 
2  0    0   1081    NaN   23798 
3  1    0   2523    NaN   35088 
4  0    0   1383    NaN   19338 

我有这样的数据集存储在数据帧的大熊猫，并可以使用绘制它：

def plot(): 
    ax = sns.stripplot(data = df) 
    ax.set(xlabel='Bacteria',ylabel='Abundance') 
    plt.setp(ax.get_xticklabels(),rotation=45) 
    plt.show() 

为了生产this plot。

我想设置色调以反映'Labels'列。当我尝试：

sns.stripplot(x=df.columns.values.tolist(),y=df,data=df,hue='Labels') 

我得到：

ValueError: cannot copy sequence with size 26 to array axis with dimension 830 

Answer 1

所以我想通了。我不得不通过堆叠和重新索引重新安排我的数据：

cols = df.columns.values.tolist()[3:] 
stacked = df[cols].stack().reset_index() 
stacked.rename(columns={'level_0':'index','level_1':'Bacteria',0:'Abundance'},inplace=True) 

，输出：

  index   Bacteria Abundance 
0   0  Acidobacteria 0.000000 
1   0 Actinobacteria 0.005003 
2   0 Armatimonadetes 0.000000 
3   0  Bacteroidetes 0.281586 

接下来，我不得不创建一个新的列分配标签给每个数据点：

label_col = np.array([[label for _ in range(len(cols))] for label in df['Labels']]) 
label_col = label_col.flatten() 

stacked['Labels'] = label_col 

所以现在：

index   Bacteria Abundance Labels 
0  0 Acidobacteria 0.000000  0 
1  0 Actinobacteria 0.005003  0 
2  0 Armatimonadetes 0.000000  0 
3  0 Bacteroidetes 0.281586  0 
4  0  Chlamydiae 0.000000  0 

然后绘制：

def plot(): 
    ax = sns.stripplot(x='Bacteria',y='Abundance',data=stacked,hue='Labels',jitter=True) 
    ax.set(xlabel='Bacteria',ylabel='Abundance') 
    plt.setp(ax.get_xticklabels(),rotation=45) 
    plt.show() 
plot() 

生产this graph。

感谢您的帮助！