负长度向量是不允许

不过，我一列合并两个文件（每3列，每列13亿行）和有一个类似的错误：

Negative length vectors are not allowed.

建议的答案是，有没有足够的内存，但是，我与3TB内存（其中它告诉我的最大的系统达到上运行这些被247 GB）。这是否仍然可能是由于记忆问题，还是有其他东西在起作用？值得减少这些数据框并合并它们吗？

感谢您的任何建议。

最良好的祝愿，娜塔莉

列是否完全匹配？有重复吗？合并后您有关于记录数量的想法吗？ R只会报告它试图分配的最后一个向量的内存错误，而不是R所使用的总内存，所以错误消息很少会给出整个图像。如果没有一个在这种情况下难以创造的重现性例子，确实无法确定发生了什么。 – MrFlick

还有其他类似的问题，表明它可能是由于'merge'期间在'by'中引用重复项。 https://stackoverflow.com/q/42479854/8382207 – Sagar

ID中的重复值可能会导致合并的data.frame的大小爆炸。考虑两个数据集中重复4次的ID。与原始数据相比，最终的数据帧可以是行数的16倍。 – lmo

@lmo @Sagar @MrFlick有在我合并由列重复。每个样品，已在多个不同成分的改变，从而会看起来像

Sample Component Value 
a     x     -1 
a     y     1 
b     x     0 ...

我添加的生存资料本该仅指样品，所以我非常喜欢有

Sample Component Value  Survival 
a     x     -1   0.8 
a     y     1   0.8 
b     x     0   0.2

我以为合并会提供这个...我错了，在这个假设？将样本名称合并的生存数据添加到此会导致数据条目进一步重复？我不确定如何最好地尝试执行此操作。

我会尝试使用缩短的数据文件进行测试，以查看它是否工作并（b）扩展数据。还有其他建议吗？

2017-08-31 09:02:53 NatalieStephenson

请把它作为您的原始文章的一部分。人们对这种类型的内容感到不安是包含在内的答案。 – lmo

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