使用R或Excel重叠图形

Question

我有以下矩阵，我想用R（首选）或Excel绘制重叠图形。

a  b  c 
a 1  0.5  0.7 
b 0.5  1  0.4 
c 0.7  0.4  1 

例如，上表中表明，a和b有50％的重叠，而a和c有70％。

Answer 1

如果你想重叠，那么你错过了一个数字 - 重叠所有三个：a,b,c。

As Aniko在评论中写下您可以使用维恩图，例如Vennerable from R-forge。

安装需要一些软件包从Bioconductor的：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable")) 
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") 

您桅杆适当地准备你的数据：

require(Vennerable) 
x <- Venn(
    SetNames = c("a", "b", "c"), 
    Weight = c(`100`=1, `010`=1, `001`=1, 
       `110`=0.5, `101`=0.7, `011`=0.4, 
       `111`=.5) # I made this up cause your question miss it 
) 

，瞧：

plot(x, doWeights=TRUE) 

---

一些额外的解释。

Vennerable包的数据结构需要提供集合名称（"a","b","c"）以及每个相交的频率/比例。此0/1名称标识子集：1表示“在集合中”，0表示“未集合”。因此，如：

• 100意味着a，而不是在b，而不是在c，
• 011意味着不a，在b，在c

所以111意味着在所有三组，这是矩阵中缺失的，不能在那里添加。对于您的样本数据，当一个& b有0.7重叠和b & c有0.4意味着在同一时间至少有三个集合（或者我错过了对这个数字的解释）。 （注：我想我高估了这个0.5，原因应该是低于0.4）

你可以创建矩阵前准备好您的数据，以维恩图，如：

X <- list(
    a = c("One", "Two", "Three"), 
    b = c("One", "Three", "Four", "Five", "Seven"), 
    c = c("Three", "Five", "Eight", "Nine", "Ten") 
) 

x <- Venn(X) 
x 
# A Venn object on 3 sets named 
# a,b,c 
# 000 100 010 110 001 101 011 111 
# 0 1 2 1 3 0 1 1 
plot(x, doWeights=TRUE)