grep的 - 从一个文件基础上的模式在另一个文件

问题标题抽取线不完全准确，但我不知道如何句话就那么请随时提高的称号。grep的 - 从一个文件基础上的模式在另一个文件

我有一个文件具有两列表示基因对，像这样：

scign012208 scigt009306 
scign019190 scigt021712 
scign000207 scigt021506 
scign011139 scigt008461 
scign018733 scigt003814

我有一个包含在一行中的每个基因的表达信息的另一文件中，但以不同的顺序比所述对以上：

scign012208 92.2080327275079 134.028976718368 161.049844993173 
scigt021506 271.448068344812 244.144367035135 352.78889225294 
scign011139 0 0 1.22007458328161 
scigt021712 69.3835869760283 70.7270589739666 65.015475611569 
scigt009306 91.2941933895109 159.815950566175 221.69211356076 
scign018733 1.35600048128688 0 0 
scigt021506 271.448068344812 244.144367035135 352.78889225294 
scign019190 1.35600048128688 5.86988219204531 3.66022374984483

我想提取匹配上述基因名称线和保持在单独的行，两对彼此跟随，这样的：

scign012208 92.2080327275079 134.028976718368 161.049844993173 
scigt009306 91.2941933895109 159.815950566175 221.69211356076 
scign019190 1.35600048128688 5.86988219204531 3.66022374984483 
scigt021712 69.3835869760283 70.7270589739666 65.015475611569

我试着用grep -E并把“|”第一个文件中的两列之间，但如何保持正确的顺序？

来源

2014-11-04 Jon

你的意思是“正确的顺序？你的意思是，从第一个文件中对需要在输出（即使它们可能不是在输入顺序线）？被整理为连续线 – 2014-11-04 21:16:24

请出示 – Barmar 2014-11-04 21:17:06

谢谢，我试图展示想要的结果 – Jon 2014-11-04 21:19:12

这其实是相当简单与xargs。

cat file1 | xargs -n 1 -I % grep % file2

这里的关键是xargs -n 1。它将xargs限制为一次只读取一个单词，而不是逐行读取文件。

来源

2014-11-04 22:43:18 whereswalden

这很美丽。 – Jon 2014-11-05 07:10:39

我不明白你的问题，但怀疑这是接近的答案！

awk 'FNR==NR{p[++i]=$1;p[++i]=$2;next} {e[$1]=$0} END{for(j=1;j<=i;j++)print e[p[j]]}' pairs.txt expressions.txt

好吧，我的文件pairs.txt中读取并保存在一个数组p[]在那里的项目，所以p[1]得到scign012208，p[2]得到scigt009306。

然后，我在文件中expressions.txt读取并保存在阵列e[]表达，所以e[scign012208]得到scign012208 92.2080327275079 134.028976718368 161.049844993173等。

然后，最后，我按顺序通过p[]的元素，并从e[]拿起匹配的东西。

哦，对不起，我刚才看到我应该用grep做到这一点，你可以做到这一点，我想 - 但它会很慢，如果expressions.txt是一个很大的文件：

while read a b; do grep "$a" expressions.txt; grep "$b" expressions.txt; done < pairs.txt

来源

2014-11-04 22:14:11

grep的 - 从一个文件基础上的模式在另一个文件

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