ggtree

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    是否可以将joyplot作为面板添加到包含ggtree的图中,如these examples所示?喜悦图的例子是here。 我意识到我可以手动将joyplot的物种标签按照树尖标签的顺序放置,但我正在寻找自动解决方案。我想自动将joyplot行与树的提示相关联,类似于boxplot数据如何与提示标签相关联。 我认为Guangchuang瑜在上面的链接示例提供合适的数据: require(ggtre

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    当我在表中存储树和一些节点信息时,我想删除提示,并相应地修改表。因此,需要在列节点中使用正确的新号码的新表。 library(ape) library(ggtree) #make tree set.seed(2016-12-31) newrtree<-rtree(12) newrtreepo<-di2multi(newrtree, tol = 0.5) # make table wi

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    我的目标是通过列表作为函数geom_point2使用lapply或类似的mapply的参数。在类似的情况下,我必须成功通过列表(或列表)来geom_cladelabel为: mapply(function (x,y,z,w,v,u,t,s) geom_cladelabel(node=x, label=y, align=F, etc. # Where x y z etc are lists.

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    我已经安装了ggtree包v1.8.2,并且我想使用getSubtree函数。不过,我得到一个错误suprising :): 错误getSubtree():找不到功能“getSubtree” 即使我看到Rstudio帮助机能的研究作为ggtree包的成员和正如它在软件包描述中提到的:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/ggt