将char与字符串进行比较

这是我写的fastq脚本的一部分。在脚本开始时，我使用while循环读取文件。将char与字符串进行比较

while read Sequence_Name && read Sequence && read Quality_name && read Quality_sequence

该文件是一个由4线批次（SEQUENCE_NAME，序列，Quality_name，Quality_sequence）

类似的东西;

@HWI-ST330:304:H045HADXX:1:1101:1162:2055 
NAGAACTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTT 
+ 
#[email protected]?;B-<CBDDD>BBBBDDB5<@[email protected]?B<?

这部分是剧本给我的问题

iq=1 
fastq="'!\"#$%&\'\(\)*+,-./:;<=>[email protected][\\]^_\`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~" 

until [ $iq -ge ${#Quality_sequence} ] 
       do 
        charSQ=$(expr substr $Quality_sequence $iq 1) 
        if [[ $fastq =~ $charSQ ]] ; then 
        let iq++ 
        else 
        echo "invalide format sequence quality" 
        fi 
        done

问题的部分是根据输入它不会做的作业。例如

使用此输入：

@SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22 
GAGGTAGTAGATTGTATAGTTA 
+SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22 
KKJJNH]NNNNNNN________

它的工作，但这些投入

@SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22 
GAGGTAGTAGATTGTATAGTTA 
+SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22 
KKJJNH[NNNNNNN________ #replacing ] by [ give me opposite result 

@HWI-ST330:304:H045HADXX:2:2111:20110:84312 
GTCGAGGTGCCGTAAAGCACTAAATCGGAACCCTAAAGGGAGCCCCCGATTTAGAGCTTGACGGGGAAAGCCGGCGAACGTGGCGAGAAAGGAAGGGAAG 
+ 
@@<FFFFDFFH>DEGFEGIJGJIJD9;CFCG;@;[email protected]?CD>[email protected]@@@??90))5055(22-95<-5(:<[email protected]?8?

它不会因为我得到的消息：

invalide format sequence quality

非常感谢很多帮助我找到原因？

来源

2015-04-28 Papy

尝试在if测试中引用'“$ charSQ”''此外，如果您试图查明是否有任何无效字符在行中，您可以这样做，而不用逐字符地搜索更简单（反转）的正则表达式匹配。只需在有效字符中创建（否定'^'）字符类并测试它是否与字符串匹配。 –

谢谢Etan引用“$ charSQ”似乎已经完成了至少使用我的测试文件，只有50行。 – Papy

引用作品的原因是因为没有它，$ charSQ中的字符被解释为正则表达式。引用它，它被视为一个文字字符串。但你应该尝试我的另一个建议，因为它将在大文件/行上执行*更好。 –

尝试在if测试中引用"$charSQ"？
引用作品的原因是因为没有它，$charSQ中的字符被解释为正则表达式。引用它，它被视为一个文字字符串。
- Etan Reisner

来源

2015-10-14 11:31:41 Armali

将char与字符串进行比较

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