我有一个名为ggplot_cnv.R
的脚本,其中包含了一些函数。在bash循环中运行R函数
其中一个功能需要一个文件作为输入和输出GGPLOT2情节:
plot.notch <- function(cnv_file, from=NA, to=NA) {
...
}
我希望能够对多个文件运行此。我知道你可以使用Rscript
作为arg传递文件,然后将它发送到ggplot_cnv.R
内的函数,但是有没有办法在我的主脚本(ggplot_cnv.R
)中不使用args的情况下执行此操作?
例如,我怎么能在bash调用plot.notch
功能从脚本ggplot_cnv.R
for循环如(这不起作用):
for f in $(ls data/*.cnv); do
Rscript -e "ggplot_cnv.R::plot.notch(cnv_file = $f)";
done
可能会传递函数名'plot.notch'和'$ f'作为arg,然后使用'match.fun'? – zx8754
也许没有'commandArgs','$ f'不能被识别? –