在bash循环中运行R函数

Question

我有一个名为ggplot_cnv.R的脚本，其中包含了一些函数。

其中一个功能需要一个文件作为输入和输出GGPLOT2情节：

plot.notch <- function(cnv_file, from=NA, to=NA) { 
... 
} 

我希望能够对多个文件运行此。我知道你可以使用Rscript作为arg传递文件，然后将它发送到ggplot_cnv.R内的函数，但是有没有办法在我的主脚本（ggplot_cnv.R）中不使用args的情况下执行此操作？

例如，我怎么能在bash调用plot.notch功能从脚本ggplot_cnv.R for循环如（这不起作用）：

for f in $(ls data/*.cnv); do 
    Rscript -e "ggplot_cnv.R::plot.notch(cnv_file = $f)"; 
done 

Answer 1

我想，也许你可以使用R CMD BATCH做这样工作。

Usage: 

    R CMD BATCH [options] infile [outfile] 

Answer 2

littler程序会提供您正在查找的功能。 http://dirk.eddelbuettel.com/code/littler.examples.html