allEffects（）上GLMM给出错误信息

Question

我得到R中的下面的错误messgae当我尝试从lme4使用来自效果封装allEffects（）与glmer创建的GLMM（mpc7j）（）：

> mpc7j<- glmer(correct_response ~ pc * Stim.cond + sess:pc + sess:Stim.cond + 
       (1|item.no) + (1|id), data=d7nowl, family=binomial) 

> allEffects(mpc7j) 
Error in eval(expr, envir, enclos) : Object 'sess' not found 

当我在不同模型（“虚拟”）上对同一数据使用allEffects（），而在固定效果中没有包含“sess”的术语时，它工作得很好。

> dummy<- glmer(correct_response ~ pc * Stim.cond + (1|item.no) + (1|id), 
       data=d7nowl, family=binomial) 

我使用STR（mpc7j）来检查我的模型，它看起来像“SESS”就在那里为组对比治疗中的因素。

.. .. ..$ pc  : chr "contr.treatment" 
.. .. ..$ Stim.cond: chr "contr.treatment" 
.. .. ..$ sess  : chr "contr.treatment" 

“SESS”是具有2级水平的因子，并且是指试验时间（重复测量，会话1和会话2）。我测试的一个科目只进行过一次测试，而不是其他科目的两倍。这可能与这个错误有什么关系？

我会很感激任何指针，我在做什么错在这里或我应该寻找一个解决方案。我已经搜索错误信息没有成功。 allEffects（）函数的R文档也没有帮助我。请帮助？

编辑：当我尝试使用plotLMER.fnc（）从languageR，我得到这个错误：

> plotmpc7j<-plotLMER.fnc(mpc7j) 
log odds are back-transformed to probabilities 
Fehler: Indizierung außerhalb der Grenzen 

最后一行转换为类似“错误：边界外指标”。

Answer 1

即使这是不完整的，我张贴作为一个答案，而不是评论，因为它的长，包含了大量的代码......（我能回去，之后再删除它...

到目前为止，底线是这不是一个glmer/GLMM特有的问题，而是一个包含交互条件（在这种情况下为sess:pc和sess:Stim.cond）但没有主效应（sess）的模型的问题（通常是这样的模型很奇怪并且经常但不总是错误的...这可能是为什么它们不能被effects包处理）我会考虑联系包维护者（maintainer("effects")）...

创建一个虚拟的数据与正确的结构设置：

d7nowl <- expand.grid(pc=factor(LETTERS[1:2]), 
         Stim.cond=factor(letters[1:2]), 
         sess=factor(1:2), 
         item.no=factor(1:10),id=factor(1:10)) 
d7nowl$correct_response <- rbinom(nrow(d7nowl),size=1,prob=0.5) 

装上GLMM：

g1 <- glmer(correct_response ~ pc * Stim.cond + sess:pc + sess:Stim.cond + 
      (1|item.no) + (1|id), data=d7nowl, family=binomial) 

## reproduce error 
try(allEffects(g1)) 
## Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'sess' not found 

现在尝试用GLM一个类似的模型。

g2 <- glm(correct_response ~ pc * Stim.cond + sess:pc + sess:Stim.cond, 
      data=d7nowl, family=binomial)  
try(allEffects(g2)) ## same error 

allEffects给了我们一个答案（我没有检查，看它是否有道理），如果我们要么加sess或（如在原来的提问时指出）的主要作用取出与sess的互动。

g3 <- update(g2,.~.+sess) 
try(allEffects(g3)) ## OK 

g4 <- update(g2,.~.-sess:pc-sess:Stim.cond) 
try(allEffects(g4)) ## OK 

如果我尽量简化进一步allEffects仍然打破，但使用不同的错误信息：

g5 <- glm(correct_response ~ pc + sess:pc, data=d7nowl, family=binomial) 
try(allEffects(g5)) 
## Error in mod.matrix[, components] : subscript out of bounds 

了解到底发生了什么错误，需要挖掘到的effects:::analyze.model胆量（内部效用函数）来查看逻辑出错的地方。